Error: Maximal number of DLLs reached

Question

我正在编写一个依赖于许多其他包的 R 包。当我将太多包加载到会话中时，我经常遇到此错误：

Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/proxy/libs/proxy.so':
  `maximal number of DLLs reached...

此 post Exceeded maximum number of DLLs in R 指出问题出在基本 R 代码的 Rdynload.c 上： #define MAX_NUM_DLLS 100

除了从源代码修改和构建之外，还有什么方法可以绕过这个问题吗？

Answer 1

增加这个数字当然是"possible"...但是也有点成本（添加到 R 的固定内存占用）。

我没有设置那个限制，但我很确定它也意味着提醒用户在她/他的 R 会话中 "clean up" 一点，即不要加载不必要的包命名空间。我还无法想象您需要 > 100 个包裹 |在您的 R 会话中加载的命名空间。 OTOH，现在有些包有很多依赖关系，所以我同意这至少可能比过去更频繁地发生。

真正的解决方案当然是改进代码，从相对较少的 "DLLinfo" 结构（比如 32）开始，然后根据需要分配更多的批次（大小比如 32）。

非常欢迎 R 源代码补丁（https://svn.r-project.org/R/trunk/ 的颠覆中的开发主干）！

---- 添加于 2017 年 1 月 26 日：与此同时，我们有一个 public bug report 关于这个，一个提议的补丁（这还不够好：总是有一个 OS 取决于打开文件数量的限制），今天该错误报告已被 R 核心成员@TomasKalibera 关闭，他实施了新代码，其中最大加载 DLL 数量设置为

pmax(100, pmin(1000, 0.6* OS_dependent_getrlimit_or_equivalent()))

等等 Windows 和 Linux（尚未测试，但 "almost surely" macOS），限制应该比以前高很多。

----- 更新 #2（2018 年 1 月 5 日编写）：
在 17 年 10 月，通过以下对源代码的提交（仅限 R 的开发版本！）

，上述更改变得更加自动化

r73545 | kalibera | 2017-10-12 14:41:20

Increase the number of DLLs that can be loaded by default. If needed, increase the soft limit on open files.

并且在帮助页面 ?dyn.load (https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/dynload.html) 上现在提到了 ulimit -n <num_open_files>（靠近底部的注部分）。

所以您可以考虑使用 R 的开发版本，直到它在 4 月份变成 "main stream"。
或者，您可以（在终端/shell）

ulimit -n 2048

然后从该终端启动 R。 Tomas Kalibera 提到这个可以在 macOS.

上工作

Answer 2

从 R 3.4 开始，您可以使用环境变量 R_MAX_NUM_DLLS 设置不同的 DLL 最大数量。来自发行说明：

The maximum number of DLLs that can be loaded into R e.g. via dyn.load() can now be increased by setting the environment variable R_MAX_NUM_DLLS before starting R.

Answer 3

我在 bioconductor 中遇到了 simpleSingleCell 库的问题

在 macOS 上你不能超过 256。所以我在我的主目录中设置了我的 .Renviron R_MAX_NUM_DLLS=150

Answer 4

很简单转到环境变量并编辑

variable_name = R_MAX_NUM_DLL
value = 1000

重启R 对我来说效果很好

Error: Maximal number of DLLs reached

Error: Maximal number of DLLs reached

dll

r

package