R：使用 data.frame 信息为散点图上的点着色
R: Using data.frame information to colour points on a scatter plot
我使用 plot(data$pco$li[,1], data$pco$li[,2]) 生成了我的数据的散点图。结果是 PCA 散射输出。我现在想根据它的类别给散点图上的每个点着色（每个点都是一个基因，我想根据它所属的染色体给它着色）。
我准备了一个文件，第一列是基因，第二列是染色体，并使用以下方法将其加载到 R 中：
geneLoc <- read.table(file = "~/Location/File.txt", header = FALSE, sep = "\t")
colnames(geneLoc) <- c("Gene", "Chromosome")
从这里我不知道如何使用这些信息来为散点图上的点着色。我找到的最接近的答案在这里：Colouring scatter graph by type in r
但是，我的散点数据不是两列的形式 table（因为它是执行 PCA 的名为 Treescape 的程序包的结果）。因此它的格式是：
gene1 gene2 gene3 gene4 gene5 gene6 gene7 gene8 gene9
gene2 33.76389
gene3 51.12729 47.74935
gene4 27.62245 31.38471 52.12485
gene5 33.92639 28.44293 53.74942 28.67054
gene6 32.28002 26.57066 43.72642 29.54657 25.51470
gene7 34.65545 30.08322 54.06478 30.59412 24.89980 27.00000
gene8 31.09662 27.44085 48.89785 27.49545 26.87006 24.59675 26.79552
gene9 36.20773 28.82707 50.94114 31.24100 24.53569 24.06242 25.41653 27.60435
gene10 36.53765 28.75761 53.86093 30.46309 23.62202 25.00000 27.82086 28.87906 25.33772
因此，我无法简单地将第三个类别列添加到两列数据框中并使用它来为我的散点图着色。
您需要将数据转换为以下格式：
Var1 Var2 Value
gene1 gene2 33.76389
gene1 gene3 51.12729
然后您可以轻松地追加第 4 列。 reshape2 包有一个名为 melt 的函数，它可以解决问题。首先，让我们生成一个与上述示例类似的矩阵：
mydata <- matrix(data=rnorm(81, 25, 10), ncol=9, nrow=9)
colnames(mydata) <- paste0("gene", 1:9)
rownames(mydata) <- paste0("gene", 2:10)
mydata[upper.tri(mydata, diag=T)] <- NA
现在我们可以使用 reshape2 将其转换为我上面描述的 "long" 格式：
library(reshape2)
meltdata <- melt(mydata)
您现在可以在 meltdata 的右侧附加一列进行绘图。 ggplot2 库擅长绘制以这种格式结构化的数据。
我使用 plot(data$pco$li[,1], data$pco$li[,2]) 生成了我的数据的散点图。结果是 PCA 散射输出。我现在想根据它的类别给散点图上的每个点着色（每个点都是一个基因，我想根据它所属的染色体给它着色）。
我准备了一个文件，第一列是基因，第二列是染色体，并使用以下方法将其加载到 R 中：
geneLoc <- read.table(file = "~/Location/File.txt", header = FALSE, sep = "\t")
colnames(geneLoc) <- c("Gene", "Chromosome")
从这里我不知道如何使用这些信息来为散点图上的点着色。我找到的最接近的答案在这里：Colouring scatter graph by type in r
但是，我的散点数据不是两列的形式 table（因为它是执行 PCA 的名为 Treescape 的程序包的结果）。因此它的格式是：
gene1 gene2 gene3 gene4 gene5 gene6 gene7 gene8 gene9
gene2 33.76389
gene3 51.12729 47.74935
gene4 27.62245 31.38471 52.12485
gene5 33.92639 28.44293 53.74942 28.67054
gene6 32.28002 26.57066 43.72642 29.54657 25.51470
gene7 34.65545 30.08322 54.06478 30.59412 24.89980 27.00000
gene8 31.09662 27.44085 48.89785 27.49545 26.87006 24.59675 26.79552
gene9 36.20773 28.82707 50.94114 31.24100 24.53569 24.06242 25.41653 27.60435
gene10 36.53765 28.75761 53.86093 30.46309 23.62202 25.00000 27.82086 28.87906 25.33772
因此，我无法简单地将第三个类别列添加到两列数据框中并使用它来为我的散点图着色。
您需要将数据转换为以下格式：
Var1 Var2 Value
gene1 gene2 33.76389
gene1 gene3 51.12729
然后您可以轻松地追加第 4 列。 reshape2 包有一个名为 melt 的函数，它可以解决问题。首先，让我们生成一个与上述示例类似的矩阵：
mydata <- matrix(data=rnorm(81, 25, 10), ncol=9, nrow=9)
colnames(mydata) <- paste0("gene", 1:9)
rownames(mydata) <- paste0("gene", 2:10)
mydata[upper.tri(mydata, diag=T)] <- NA
现在我们可以使用 reshape2 将其转换为我上面描述的 "long" 格式：
library(reshape2)
meltdata <- melt(mydata)
您现在可以在 meltdata 的右侧附加一列进行绘图。 ggplot2 库擅长绘制以这种格式结构化的数据。