h5py 无法将元素 0 转换为 hsize_t

Question

我想加载和分析 hdf5 文件中的大量图像。每个图像都是 1920x1920 uint16，将它们全部加载到内存中会使计算机崩溃。有人告诉我，其他人通过切片图像来解决这个问题，例如如果数据是 1920x1920x100（100 张图像），那么他们读取每张图像的前 80 行并分析该切片，然后移动到下一个切片。我可以毫无问题地做到这一点，但是当我尝试在 hdf5 文件中创建数据集时，它会出现 TypeError: Can't convert element 0 ... to hsize_t

我可以用这个非常简化的代码重现问题：

with h5py.File('h5file.hdf5','w') as f:
    data = np.random.randint(100, size=(15,15,20))
    data_set = f.create_dataset('data', data, dtype='uint16')

给出输出：

TypeError: Can't convert element 0 ([[29 50 75...4 50 28 36 13 72]]) to hsize_t

我也试过省略 "data_set =" 和 "dtype='uint16'"，但我仍然得到同样的错误。那么代码是：

with h5py.File('h5file.hdf5','w') as f:
    data = np.random.randint(100, size=(15,15,20))
    f.create_dataset('data', data)

任何人都可以给我任何关于问题所在的提示吗？干杯！

Answer 1

create_dataset的第二个参数是shape参数（见docs），但是你传了整个数组。如果要使用现有数组初始化数据集，则必须使用 data 关键字指定它，如下所示：

data_set = f.create_dataset('data', data=data, dtype="uint16")

h5py 无法将元素 0 转换为 hsize_t

h5py cannot convert element 0 to hsize_t

python

hdf5

h5py