固定数量的结果biopython

Question

我正在尝试使用以下代码从 pubmed 通过 biopython 检索搜索结果

from Bio import Entrez
from Bio import Medline

Entrez.email = "A.N.iztb@bobxx.com"
LIM = 3


def search(Term):
    handle = Entrez.esearch(db='pmc', term=Term, retmax=100000000)
    record = Entrez.read(handle)
    idlist = record["IdList"]
    handle = Entrez.efetch(db='pmc', id=idlist, rettype="medline", retmode="text")
    records = Medline.parse(handle)
    return list(records)
mydic=search('(pathological conditions, signs and symptoms[MeSH Terms]) AND (pmc cc license[filter]) ')
print(len(mydic))

无论我尝试多少次，输出结果都是 10000。尝试了不同的查询，但我仍然得到 10000。当我通过浏览器手动检查有多少结果时，我得到了随机数。

到底出了什么问题，如何确保我获得最大的结果？

Answer 1

您似乎只是在更改 esearch 限制，但不要理会 efetch（而且 NCBI 似乎默认限制为 10000）。您需要使用 retstart 和 retmax 参数。

请参阅 Biopython 教程中的“使用历史搜索和下载摘要”示例，http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html or http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.pdf

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