防止截断带有 sharex 的不等维的 imshow 子图

Question

我有几个矩阵想用 imshow 显示在同一图的子图中。它们都具有相同的列数但行数不同。我想：

在 imshow
保留imshow

aspect=1

图中使用sharex

（这意味着子图的高度反映了矩阵中不同的行数）。我尝试使用 gridspec（通过 plt.subplots 的 gridspec_kw 参数）但是 sharex 和 aspect=1 的组合导致部分矩阵被切断，除非我手动调整 window 的大小。示例：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
# fake data
foo = np.arange(5 * 7).reshape(5, 7)
bar = np.arange(11 * 7).reshape(11, 7)
baz = np.arange(3 * 7).reshape(3, 7)

data = [foo, bar, baz]
nrows = [x.shape[0] for x in data]
row_labels = np.array([x for x in 'abcdefghijk'])
col_labels = [x for x in 'ABCDEFG']

# initialize figure
fig, axs = plt.subplots(3, 1, squeeze=False, sharex=True,
                        gridspec_kw=dict(height_ratios=nrows))

for ix, d in enumerate(data):
    ax = axs[ix % axs.shape[0], ix // axs.shape[0]]
    _ = ax.imshow(d)
    _ = ax.yaxis.set_ticks(range(d.shape[0]))
    _ = ax.xaxis.set_ticks(range(d.shape[1]))
    _ = ax.yaxis.set_ticklabels(row_labels[np.arange(d.shape[0])])
    _ = ax.xaxis.set_ticklabels(col_labels)

根据每个矩阵中的行数，我可以猜测应该使它们全部可见的大概图形尺寸，但它不起作用：

figsize = (foo.shape[1], sum(nrows))
fig, axs = plt.subplots(3, 1, squeeze=False, sharex=True,
                        gridspec_kw=dict(height_ratios=nrows),
                        figsize=figsize)

for ix, d in enumerate(data):
    ax = axs[ix % axs.shape[0], ix // axs.shape[0]]
    _ = ax.imshow(d)
    _ = ax.yaxis.set_ticks(range(d.shape[0]))
    _ = ax.xaxis.set_ticks(range(d.shape[1]))
    _ = ax.yaxis.set_ticklabels(row_labels[np.arange(d.shape[0])])
    _ = ax.xaxis.set_ticklabels(col_labels)

注意所有 3 个子图的顶部和底部行是如何被部分截断的（最容易在中间的部分看到）并且顶部和底部图形边距处有大量多余的空白：

使用tight_layout也没有解决；它使子图太大（注意轴脊柱和图像之间每个子图 top/bottom 处的间隙）：

有没有办法让imshow和sharex在这里和谐工作？

Answer 1

我刚刚发现 ImageGrid，它的效果很好。完整示例：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.axes_grid1 import ImageGrid
foo = np.arange(5 * 7).reshape(5, 7)
bar = np.arange(11 * 7).reshape(11, 7)
baz = np.arange(3 * 7).reshape(3, 7)
data = [foo, bar, baz]
nrows = [x.shape[0] for x in data]
row_labels = np.array([x for x in 'abcdefghijk'])
col_labels = [x for x in 'ABCDEFG']
fig = plt.figure()
axs = ImageGrid(fig, 111, nrows_ncols=(3, 1), axes_pad=0.1)
for ix, d in enumerate(data):
    ax = axs[ix]
    _ = ax.imshow(d)
    _ = ax.yaxis.set_ticks(range(d.shape[0]))
    _ = ax.xaxis.set_ticks(range(d.shape[1]))
    _ = ax.yaxis.set_ticklabels(row_labels[np.arange(d.shape[0])])
    _ = ax.xaxis.set_ticklabels(col_labels)

防止截断带有 sharex 的不等维的 imshow 子图

prevent cutoff of imshow subplots of unequal dimension w/ sharex

python

matplotlib

subplot

imshow