Sed 模式匹配在替换字符串中使用行号的偏移量？

Question

我有一个列字段类型标准的文件（其中字符 1 到 6 对应于 field 1，7 到 11 到 field 2，依此类推）。

关键属性是：

每行 80 个字符长。
field 2 到 field N 中的文本总是 right场内有理。

我有一个这样的文件：

REMARK   1 
HETATM    1
HETATM    5
HETATM    6
HETATM    7
HETATM    9
HETATM   12
HETATM   15
HETATM   19
HETATM   23
HETATM   27
HETATM   30
HETATM   34
HETATM   38
END

对于 HETATM 记录...前六个原子等于该字符串的行...我想替换第二个字段中的数字（字符 7 到 11）条目编号，以 1.

开头

即我希望输出显示为：

REMARK   1 
HETATM    1
HETATM    2
HETATM    3
HETATM    4
HETATM    5
HETATM    6
HETATM    7
HETATM    8
HETATM    9
HETATM   10
HETATM   11
HETATM   12
HETATM   13
END

目前我最简洁的解决方案（使用临时文件进行测试，避免搞砸我原来的）是：

#!/bin/bash
f=file.pdb
fTmp=${f}.tmp
cp $f $fTmp
for ((l=1; l<$( wc -l $fTmp | awk '{print }' ); l++)); do
   sed -i "$((l + 1))"'s#\(HETATM\)[ 0-9]\{5\}#'"$( printf '%5s' $l )"'#g' $fTmp
done
cat $fTmp
rm $fTmp

删除临时文件包这就变成了：

f=file.pdb
for ((l=1; l<$( wc -l $f | awk '{print }' ); l++)); do
   sed -i "$((l + 1))"'s#\(HETATM\)[ 0-9]\{5\}#'"$( printf '%5s' $l )"'#g' $f
done

似乎应该有某种方法可以在 sed 中使用行号来创建更简洁的解决方案——也许是单个 sed -i 命令。假设这是可能的，唯一的复杂性是需要一些算术运算——应该设置为 1 的第一个匹配项总是出现在第二行。

我希望有 sed 解决方案。我对使用 awk 犹豫不决，因为 space 填充很重要并且需要内联编辑，看来 sed 是更好的选择。

请注意，一旦我有了经过验证有效的改进解决方案，我将扔掉 *.tmp 文件内容，直接在目标文件上操作，因此单个 sed -i 命令可能完成任务。

Answer 1

如果您有 GNU awk，您可以指定您的输入是固定宽度的字段。例如，

awk -v OFS='' -v FIELDWIDTHS='6 5 6 6 6 6 6' '
/^HETATM/{  = sprintf("%5d",++count) };1' file.pdb

这会将宽度为 5 的字段 2 编辑为递增的数字。

Sed 模式匹配在替换字符串中使用行号的偏移量？

Sed Pattern Match Which Uses Offset of Line Number in the Replace String?

bash

sed

pattern-matching

line-numbers

inline-editing