叠加 2 个 allEffects 图

Question

我有以下型号

require(effects)

fit<-lme(x ~ y, data, random= ~1|item)
plot(allEffects(fit)

fit2<-lme(x ~ y, data2, random = ~1|item)
plot(allEffects(fit2)

如何绘制 fit 和 fit2 叠加层？我试过 par(new=T)，但它不起作用。这些图表单独绘制得很好。

Answer 1

我不确定是否有非常的好方法来做到这一点。我通常从效果结构中提取信息并用 ggplot 绘制它（也可以使用格子）。

这是一个例子：

library(effects)
library(nlme)
library(plyr)  ## utilities

将模型拟合到一个标准示例数据集的前半部分和后半部分：

fm1 <- lme(distance ~ age, random = ~1|Subject,
          data = Orthodont[1:54,])
fm2 <- update(fm1, data = Orthodont[55:108,])
a1 <- allEffects(fm1)
a2 <- allEffects(fm2)

从 efflist 对象中提取信息。这是不完全通用的部分……困难的部分是找出预测变量。

as.data.frame.efflist <- function(x) {
   ldply(x,
         function(z) {
           r <- with(z,data.frame(fit,
                                  var=variables[[1]]$levels,
                                  lower,upper))
           return(plyr::rename(r,setNames(z$variables[[1]]$name,"var")))
         })
}

为了方便，用ldply把两个模型的结果放在一起：

comb <- ldply(list(fm1=a1,fm2=a2),as.data.frame,.id="model")

现在剧情：

library(ggplot2); theme_set(theme_bw())
ggplot(comb,aes(age,fit,
               ymin=lower,ymax=upper,
               colour=model,fill=model))+
     geom_line()+
     geom_ribbon(alpha=0.2,colour=NA)+
     geom_rug(sides="b")

地毯图组件在这里有点傻。

叠加 2 个 allEffects 图

Overlay 2 allEffects graphs

r

plot

overlay

effects

graphing