在 R 中按 data.table 分组生成所有 ID 对

Question

我有一个 data.table，在许多组中有许多人（具有 ID）。在每个组中，我想找到 ids 的每个组合（每对个体）。我知道如何使用 split-apply-combine 方法来做到这一点，但我希望 data.table 会更快。

示例数据：

dat <- data.table(ids=1:20, groups=sample(x=c("A","B","C"), 20, replace=TRUE))

拆分-应用-组合方法：

datS <- split(dat, f=dat$groups)

datSc <- lapply(datS, function(x){ as.data.table(t(combn(x$ids, 2)))})

rbindlist(datSc)

head(rbindlist(datSc))
V1 V2
1:  2  5
2:  2 10
3:  2 19
4:  5 10
5:  5 19
6: 10 19

我最好的 data.table 尝试生成单列，而不是包含所有可能组合的两列：

dat[, combn(x=ids, m=2), by=groups]

提前致谢。

Answer 1

您需要将矩阵 t(combn()) 的结果转换为 data.table 或 data.frame，所以这应该有效：

library(data.table)  
set.seed(10)
dat <- data.table(ids=1:20, groups=sample(x=c("A","B","C"), 20, replace=TRUE))
dt <- dat[, as.data.table(t(combn(ids, 2))), .(groups)]
head(dt)
   groups V1 V2
1:      C  1  3
2:      C  1  5
3:      C  1  7
4:      C  1 10
5:      C  1 13
6:      C  1 14

Answer 2

library(data.table)  
dat <- data.table(ids=1:20, groups=sample(x=c("A","B","C"), 20, replace=TRUE))
ind<-unique(dat$groups)
lapply(1:length(ind), function (i) combn(dat$ids[which(dat$groups==ind[i])],2))

然后您可以将列表更改为您可能需要的任何其他类型的格式。

在 R 中按 data.table 分组生成所有 ID 对

Generate All ID Pairs, by group with data.table in R

r

split-apply-combine

data.table