使用 ggnet2 在 R 中按度数着色

Question

我一直在尝试使用 ggnet2 绘制图表。为此，我使用以下代码：

library(igraph)
lapply(c("sna", "intergraph", "GGally", "igraph", "network"), require, character.only=T)
data <- read.table('CA-CondMat.txt',sep="\t",header=TRUE)
g = graph.data.frame(data, directed = TRUE)
N = vcount(g)
E = ecount(g)
perc = 0.1
d.g = degree(g,mode='all')/N
new_nodes = sample.int(N,ceiling(perc*N),replace=FALSE,prob =d.g)
new_g = subgraph(g,new_nodes)
dg = degree(g,mode='all')
prob = dg/sum(dg)
png('example_plot2.png')
ggnet2(new_g, size = "degree", node.color = "steelblue", size.cut = 4,
                                          edge.size = 1, edge.color="grey" )
dev.off()

我得到了一个完全蓝色的图表。

我正在使用包 igraph。

我想要绘制的是一个图表，其中节点的颜色基于节点的度数，如下所示：

Link 到文件：
https://snap.stanford.edu/data/ca-CondMat.html

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Answer 1

我喜欢挑战，图表总是很有趣。我想这就是你想要的（我修改了我的原件以使用你稍后在我处理它时提供的文件）：

在我的代码中 clr-degree 是度数的二分之一，因为这个文件只有对称链接，没有黑色和绿色节点看起来很无聊。

我还为所有调用添加了库前缀，这样我就可以看到正在使用哪些网络库（igraph、网络等）。这些库中有很多重叠和相互依赖关系。

请注意，此代码应将 clr-degree 映射到 0-1 到 black、度数 2 到 red、度数 3 到 green，以及 >=4 到 red：

library(ggplot2)
library(igraph)
library(GGally)

# the following libraries will be required too - used internally
lapply(c("sna", "scales","intergraph", "network"),require, character.only=T)

set.seed(1234)

# data from  https://snap.stanford.edu/data/ca-CondMat.html
data <- read.table('CA-CondMat.txt',sep="")

g = igraph::graph.data.frame(data, directed = TRUE)
N = vcount(g)
E = ecount(g)
d.g = igraph::degree(g,mode='all')/N

# Use new smaller subgraph
perc = 0.05
new_nodes = sample.int(N,ceiling(perc*N),replace=FALSE,prob =d.g)
new_g = igraph::subgraph(g,new_nodes)
dg = igraph::degree(new_g,mode='all')

dg <- dg/2  # for some reason there are only even degrees in this file - so we divide by 2

clrvek = pmax(0,pmin(dg,4))
clrnames = c("0"="lightgrey","1"="black", "2"="blue", "3"="green", "4"="red")

#png('example_plot2.png')
GGally::ggnet2(new_g, 
       color.legend="clr-degree",palette=clrnames,color=clrvek,
       size = "degree",
       edge.size = 1, edge.color="grey",
       legend.position = "bottom") + coord_equal()
#dev.off()

产量：

使用 ggnet2 在 R 中按度数着色

Color by degree in R using ggnet2

r

ggplot2

igraph

graph-visualization

ggally