从 igraph 对象中提取 vnames

Question

这是示例 igraph 对象：

library(igraph)
#dummy data
d <- data.frame( x = LETTERS[1:5], y = LETTERS[5:1] )
links <- d
nodes <- as.character(d$x)

#graph object
net <- graph.data.frame(links, nodes, directed = FALSE)

str(net)
# IGRAPH UN-- 5 5 -- 
# + attr: name (v/c)
# + edges (vertex names):
#   [1] A--E B--D C--C B--D A--E

在下面尝试过，没有用，还尝试了一些 igraph::get* 函数：

net$names
E(net)$vnames
E(net)$names

最接近我需要的如下（我可以粘贴它们，但想知道我是否可以从对象中获取它）：

get.edgelist(net)
#      [,1] [,2]
# [1,] "A"  "E" 
# [2,] "B"  "D" 
# [3,] "C"  "C" 
# [4,] "B"  "D" 
# [5,] "A"  "E"

我需要一个字符向量如下：

"A|E" "B|D" "C|C" "B|D" "A|E"

好像已经在对象里了，我好像找不到合适的函数。

str(E(net))
# Class 'igraph.es'  atomic [1:5] 1 2 3 4 5
#   ..- attr(*, "vnames")= chr [1:5] "A|E" "B|D" "C|C" "B|D" ...
#   ..- attr(*, "env")=<weakref> 
#   ..- attr(*, "graph")= chr "8a71f114-20e8-11e6-bb83-f96f1023ec99"

Answer 1

您可以使用 attr 函数来检索所需的属性：

attr(E(net), "vnames")
#[1] "A|E" "B|D" "C|C" "B|D" "A|E"

NB：正如@Frank 提到的 "elsewhere"，如果你看一下 E 代码，你会看到vnames 属性是用粘贴构建的：(attr(res, "vnames") <- paste(el[, 1], el[, 2], sep = "|") 所以你真的可以只粘贴 get.edgelist(net) 结果...

另一种选择是使用as_ids将边序列转换为向量：

as_ids(E(net))
#[1] "A|E" "B|D" "C|C" "B|D" "A|E"

NB: as_ids 调用 attr(., "vnames") 所以这不是一个真正不同的选项...

从 igraph 对象中提取 vnames

Extract vnames from igraph object

r

igraph