在 RFE 过程中更改 ROC 计算 (pROC) 的默认参数（插入符号）- R

Question

我正在使用 "ROC" 作为度量计算 SVM-RFE 模型，使用 rfe 函数（caret 包）。据我所知，rfe 算法使用 pROC 包的 roc 函数及其预定义参数来优化 AUC 值。但是，我想将 direction 参数设置为 "<" 而不是 "auto" 因为在某些情况下，得到的平均 AUC 是反向计算的（我的数据不是很好......） .此问题在此处的答案中进行了解释：

如何在 rfe 计算中更改 roc 函数的默认参数值？

我尝试过这个简单的选项，但它不起作用：

svmRFE_NG3 <- rfe(x = TAll[,2:50],
               y = TAll[,1],
               sizes = seq(1,42),
               metric = "ROC",
               levels = c("BREAST","LUNG"),
               direction = "<",
               rfeControl = FSctrl,
               ## Options to train()
               method = "svmLinear",
               tuneLength = 10,
               preProc = c("center", "scale"),
               ## Inner resampling process
               trControl = TRctrl)

Answer 1

我看过caret的源代码，目前似乎不太可能。参数不会传递给 roc 函数的调用。

我建议在 the github repository of the package 上提交增强请求。维护者 Max Kuhn 反应灵敏，您很有可能在未来的版本中看到它的实现。

在 RFE 过程中更改 ROC 计算 (pROC) 的默认参数（插入符号）- R

Change default arguments of ROC computation (pROC) in the RFE process (caret) - R

r

r-caret

roc

rfe

proc-r-package