在 R NMF 包中保存 foreach 循环的输出

Question

我深表歉意，因为我知道之前有人问过这个问题，但我已经尝试了大多数答案的变体，但没有任何帮助。

我正在使用 foreach 包运行一组数据上的 NMF 算法循环。我是他们尝试使用 ExtractFeatures 函数提取基础名称集，该函数输出每个运行作为您确定的排名数量的列表（在我的示例中，3）。

下面是我的代码（我使用了来自 NMF Vignette 的示例数据集）：

library("NMF")
library("doParallel")
library("foreach")

#load vignette dataset and shorten it for time's sake
data(esGolub)
esGolub <- esGolub[1:200,]

#output matrix
Extract_Genes <- matrix()

#set cores
registerDoParallel(cores = 3)

#Loop NMF runs and extract features
foreach(i =1:4, .packages = "NMF") %dopar%{
  i <- nmf(esGolub, 3, nrun = 1)
  Extract_Genes <- extractFeatures(i, format = "list")
}

这将输出提取的基因列表，如下所示：

[[1]]
[[1]][[1]]
[1]  43 120 128 130

[[1]][[2]]
[1]  94   1 112  42   8  64  96 182  59  41  69  25  26

[[1]][[3]]
[1]  39  74   2  91 190 167 103 129 174

3 次超过 3 运行秒，但它不保存。有人对我如何保存这些输出有什么建议吗？

提前谢谢你，J

Answer 1

Imo 的评论工作正常：

myList <- foreach(i =1:4, .packages = "NMF") %dopar%{

在 R NMF 包中保存 foreach 循环的输出

Save output of foreach loop in R NMF package

foreach

loops

r

matrix-factorization