了解 sunburstR 行为

Question

我有一个 data.frame 看起来类似于此示例：

> head(dd)
#  paths counts
#1     s   4735
#2    dt   4635
#3    so   2191
#4    sb   1949
#5 dt-dt   1310
#6   s-s    978

路径中的不同步骤由 - 分隔。如您所见，有些路径长度为 1，有些路径 > 1 步（示例中最多 5 步）。

现在我想使用 sunburstR 包将数据可视化为 sunburst 图。我这样做：

# devtools::install_github("timelyportfolio/sunburstR")
library(sunburstR)
sunburst(dd)

不幸的是，这没有产生任何输出，我不明白为什么。再举一个例子，这按预期工作：

sunburst(tail(dd, 8))

但这不是：

sunburst(tail(dd, 9))

我也注意到

sunburst(dd[c(5, 1:4),])

生成一个图，但令人惊讶的是，dt 类别被分成两个块，通常应该在第一层（最内层）显示为一个块。

问：有人可以向我解释为什么会发生这种情况（有些方法有效，有些无效，有些有效但显示数据有些不正确）以及我需要做什么如何可视化整个数据集（不仅仅是样本数据）？

示例数据

dd <- structure(list(paths = c("s", "dt", "so", "sb", "dt-dt", "s-s", 
"so-dt", "dt-dt-dt", "sb-sb", "so-so", "s-s-s", "s-rd", "dt-dt-dt-dt", 
"s-sb", "a", "so-dt-dt", "s-rd-rd", "r", "dt-s", "so-sb", "dt-sb", 
"s-rd-rd-rd", "dt-rd", "dt-dt-dt-dt-dt", "so-dt-dt-dt"), counts = c(4735L, 
4635L, 2191L, 1949L, 1310L, 978L, 558L, 455L, 324L, 281L, 266L, 
231L, 208L, 200L, 200L, 196L, 156L, 150L, 142L, 129L, 123L, 114L, 
113L, 113L, 100L)), .Names = c("paths", "counts"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -25L))

Answer 1

dd 包含其他序列的子序列：

tail(dd, 9)
#             paths counts
# 17        s-rd-rd    156 # <-----
# 18              r    150
# 19           dt-s    142
# 20          so-sb    129
# 21          dt-sb    123
# 22     s-rd-rd-rd    114 # <-----
# 23          dt-rd    113
# 24 dt-dt-dt-dt-dt    113
# 25    so-dt-dt-dt    100

例如s-rd-rd 是 s-rd-rd-rd 的一部分。 sunburst 似乎对此感到窒息。在 package author's example 你会注意到一个额外的 -end 以防止此类情况发生。 tips here中也提到了这一点：

each line should be a complete path from root to leaf - don't include counts for intermediate steps. For example, include "home-search-end" and "home-search-product-end" but not "home-search" - the latter is computed by the partition layout, by adding up the counts of all the sequences with that prefix.

这似乎也能解决这个问题：

transform(tail(dd, 9), paths=paste0(paths, "-end"))
#                 paths counts
# 17        s-rd-rd-end    156
# 18              r-end    150
# 19           dt-s-end    142
# 20          so-sb-end    129
# 21          dt-sb-end    123
# 22     s-rd-rd-rd-end    114
# 23          dt-rd-end    113
# 24 dt-dt-dt-dt-dt-end    113
# 25    so-dt-dt-dt-end    100

sunburst(transform(tail(dd, 9), paths=paste0(paths, "-end")))

了解 sunburstR 行为

Understanding sunburstR behaviour

plot

r

sunburst-diagram