如何合并不以特定字符开头的行
how to merge lines that do not begin with certain character
如果我有以下情况:
>A13P0
ACCATAGAGAG
CCCGAGATTTA
>03HK2
ACACAGTGTGT
TTAGAGGGAGA
如何合并不以 >
开头的行?
即
>A13P0
ACCATAGAGAGCCCGAGATTTA
>03HK2
ACACAGTGTGTTTAGAGGGAGA
谢谢!
perl -ne'
if (/^>/) {
print("\n") if $. != 1;
} else {
chomp;
}
print;
} {
print("\n") if $. != 1;
'
用法见。
我知道这已经 asked/answered 一千次了,但我找不到它:
$ awk '/^>/{print (NR>1?ORS:"") [=10=]; next} {printf "%s", [=10=]} END{print ""}' file
>A13P0
ACCATAGAGAGCCCGAGATTTA
>03HK2
ACACAGTGTGTTTAGAGGGAGA
使用 perl 命令行:
perl -pE '$.>1 && !s/^>/\n>/ && chomp; END{say}' file
使用 sed :
$ sed ':a;$!N;/>/!{s/\n\([^>]\)//;ta};P;D' file
>A13P0
ACCATAGAGAGCCCGAGATTTA
>03HK2
ACACAGTGTGTTTAGAGGGAGA
如果我有以下情况:
>A13P0
ACCATAGAGAG
CCCGAGATTTA
>03HK2
ACACAGTGTGT
TTAGAGGGAGA
如何合并不以 >
开头的行?
即
>A13P0
ACCATAGAGAGCCCGAGATTTA
>03HK2
ACACAGTGTGTTTAGAGGGAGA
谢谢!
perl -ne'
if (/^>/) {
print("\n") if $. != 1;
} else {
chomp;
}
print;
} {
print("\n") if $. != 1;
'
用法见
我知道这已经 asked/answered 一千次了,但我找不到它:
$ awk '/^>/{print (NR>1?ORS:"") [=10=]; next} {printf "%s", [=10=]} END{print ""}' file
>A13P0
ACCATAGAGAGCCCGAGATTTA
>03HK2
ACACAGTGTGTTTAGAGGGAGA
使用 perl 命令行:
perl -pE '$.>1 && !s/^>/\n>/ && chomp; END{say}' file
使用 sed :
$ sed ':a;$!N;/>/!{s/\n\([^>]\)//;ta};P;D' file
>A13P0
ACCATAGAGAGCCCGAGATTTA
>03HK2
ACACAGTGTGTTTAGAGGGAGA