将 data.frames 与不同的行数进行比较

Question

我有两个数据框：

df1<- data.frame(POS=c(1, 2, 3, 4, 5),
             A=c(0.2,0,0,0.8,0),
             G=c(0,0.3,0,0.2,0.5),
             T=c(0.4,0.7,1,0,0.5),
             C=c(0.4,0,0,0,0))

df2<- data.frame(POS=c(1, 3, 4, 5, 6),
             A=c(0.3,0,0.6,0,0),
             G=c(0,0,0.4,0.7,1),
             T=c(0.2,1,0,0.3,0),
             C=c(0.5,0,0,0,0))

我想得到每个 POS 的平方和差

我首先需要的是两个相同维度的矩阵。如何为用 0 填充的缺失位置添加一行？

获得两个矩阵后，我将执行 (df1-df2)^2，然后执行 rowsums 方法。

总结一下：如何为每个 data.frame?

中缺失的行添加一个用零填充的新行

像这样：

POS A   G   T   C
1 0.2 0.0 0.4 0.4
2 0.0 0.3 0.7 0.0
3 0.0 0.0 1.0 0.0
4 0.8 0.2 0.0 0.0
5 0.0 0.5 0.5 0.0
6 0.0 0.0 0.0 0.0

POS A   G   T   C
1 0.3 0.0 0.2 0.5
2 0.0 0.0 0.0 0.0
3 0.0 0.0 1.0 0.0
4 0.6 0.4 0.0 0.0
5 0.0 0.7 0.3 0.0
6 0.0 1.0 0.0 0.0

Answer 1

正如李哲元在评论中所说，您可以将每个 df 的 merge() 与第一列 (POS) 上的另一个 df 的 POS 列一起使用。这会添加缺失的行，这些行用 NA 填充，因此您必须用零填充它们：

df1 <- merge(df1, df2$POS, all = TRUE, by=1)
df1[is.na(df1)] <- 0
df1
  POS   A   G   T   C
1   1 0.2 0.0 0.4 0.4
2   2 0.0 0.3 0.7 0.0
3   3 0.0 0.0 1.0 0.0
4   4 0.8 0.2 0.0 0.0
5   5 0.0 0.5 0.5 0.0
6   6 0.0 0.0 0.0 0.0

df2 <- merge(df2, df1$POS, all = TRUE, by=1)
df2[is.na(df2)] <- 0
df2
  POS   A   G   T   C
1   1 0.3 0.0 0.2 0.5
2   2 0.0 0.0 0.0 0.0
3   3 0.0 0.0 1.0 0.0
4   4 0.6 0.4 0.0 0.0
5   5 0.0 0.7 0.3 0.0
6   6 0.0 1.0 0.0 0.0

将 data.frames 与不同的行数进行比较

compare data.frames with different number for rows

r

compare

row

add

row-number