树状图中的等距长度

Question

In this diagram, the main information (most nodes) is on the extreme left side.

我想让树状图易于阅读，因此边的长度应该成比例。要使用的任何特定参数还是只是数据的问题？

Answer 1

程序包 ape 有一个选项可以绘制没有边长的树（或树状图）。

library(ape)

# calculate dendrogram from sample data
data(carnivora)

tr <- hclust(dist(carnivora[1:20,6:15]))

# convert dendrogram from class 'hclust' to 'phylo'
tr <- as.phylo(tr)

# plot, use par(mfrow=c(1,3)) to display side by side
plot(tr)
plot(tr, use.edge.length = FALSE)
plot(tr, use.edge.length = FALSE, node.depth = 2)

这会调用 plot.phylo 函数，使您能够操纵树状图的外观。为了提高标签的易读性，您可能需要修改 plot 中影响字体大小 (cex = 0.7) 或标签偏移量 (label.offset = 0.5) 的设置。