r图中的控制颜色

Question

nestednodf 的输出是包 vegan 的一个函数，可以很容易地绘制出来。我想用不同的颜色突出显示选定的行，但我不知道如何在单个图中指定它。假设我想要第 1,3 和 5 行为蓝色，第 2 和 4 行为红色（默认颜色）。此代码允许将第二个图与蓝色的第 1、3、5 行重叠，但不会在第一个图中插入选定的行：

library(vegan)
df=data.frame(a=c(0,1,1,1,0), b=c(1,0,0,0,1), c=c(1,1,1,1,0), d=c(1,0,1,0,1), e=c(0,0,0,1,1))
plot(nestednodf(df))
plot(nestednodf(df[c(1,3,5),]), col='blue', add=T)

有什么方法可以控制行的颜色吗？像这样：

plot(nestednodf(df), row.col=c('blue', '', 'blue', '', 'blue'))

Answer 1

输入vegan:::plot.nestednodf即可查看函数源码。真的没有机会调整两个行颜色。但是你可以看到这个函数非常简单，所以你可以编写自己的版本

myplot <- function (x, col = "red", names = FALSE, ...) 
{
    z <- x$comm
    z <- t(z[nrow(z):1, ])

    if (length(col) == 1) 
        col <- c(NA, col)
    else if ( length(col)>1) {
        z <- z*((col(z)-1)%%2+1)
    }
    image(z, axes = FALSE, col = col, ...)
    box()
    if (length(names) == 1) 
        names <- rep(names, 2)
    if (names[1]) {
        axis(2, at = seq(1, 0, len = ncol(z)), labels = rev(colnames(z)), 
            las = 2, ...)
    }
    if (names[2]) {
        axis(3, at = seq(0, 1, len = nrow(z)), labels = rownames(z), 
            las = 2, ...)
    }
}

这里我只是添加了一行来更改颜色以在指定的值之间交替。比较

plot(nestednodf(df))
myplot(nestednodf(df), col=c(NA,'red','blue'))

请注意，我传递了三种颜色，因为第一种用于矩阵中的“0”值

r图中的控制颜色

Control color in r plot

plot

r

vegan