Emboss Cons 用于获得许多文件的一致序列，而不仅仅是一个

Question

我安装并配置了 emboss，并且可以运行简单的命令行参数来获得一个先前对齐的 multifasta 文件的共识：

% 缺点

从多重比对创建一致序列

输入（对齐）序列集：dna.msf

输出序列[dna.fasta]：aligned.cons

这非常适合一次处理一个文件，但我有数百个文件要处理。我已经开始编写一个带有 foreach 循环的 perl 脚本来尝试对每个文件进行处理，但我想我需要在脚本之外才能执行运行这些命令。关于如何运行命令行友好程序的任何线索，用于从先前对齐的 multifasta 文件中连续获取多个文件的 fasta 格式的单个共识序列？我不必使用浮雕 - 我可以使用其他程序。到目前为止，这是我的代码：

   #!/usr/bin/perl 
   use warnings; 
   use strict; 

   my $dir = ("/Users/roblogan/Documents/Clustered_Barcodes_Aligned");

    my @ArrayofFiles = glob "$dir/*"; #put all files in the directory into an array

    #print join("\n", @ArrayofFiles), "\n";  #diagnostic print

    foreach my $file (@ArrayofFiles){
            print 'cons', "\n";
            print "/Users/roblogan/Documents/Clustered_Barcodes_Aligned/Clustered_Barcode_Number_*.*.Sequences.txt.out", "\n";
            print "*.*.Consensus.txt", "\n"; 
    }

Answer 1

EMBOSS 缺点有两个强制限定符：

-sequence(提供输入序列)
-outseq（用于输出）。

因此您需要将以上内容提供给字段 .

现在将您的代码稍微更改为运行多程序：

my $count=1;
foreach my $file (@ArrayofFiles){
            $output_path= "/Users/roblogan/Documents/Clustered_Barcodes_Aligned/";
            my $output_file = $output_path. "out$count";# please change here to get your desired output filename 
            my $command = "cons -sequence '$file' -outseq '$output_file' "; 
            system($command);
            $count ++;
}

希望以上代码对您有用。

Emboss Cons 用于获得许多文件的一致序列，而不仅仅是一个

Emboss Cons for getting consensus sequence for many files, not just one

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