开发闪亮的应用程序作为一个包并将其部署到闪亮的服务器

Question

我正在开发一个闪亮的应用程序，因为我想使用该功能的自动化测试和文档，所以我开始在一个包中开发界面（按照推荐）。

我在 RStudio 中开发了这个闪亮的应用程序，我有一个 server.R 文件，我可以单击 RStudio 中的 运行 App 按钮，一切正常.我将我的包提交到 github 存储库，从这一点开始，我想使用 devtools 和 install_github 函数将它安装在我的 R shiny server 上。

现在我想知道如何在服务器中启动我的应用程序。我天真地想安装包并指向 server.R 文件，但这不知何故不起作用。不知道问题出在哪里。

我的第二次尝试是在 shiny 服务器可访问的文件夹中创建一个名为 app.R 的文件，在这个文件中我基本上加载了我的包、shiny 和其他需要的包，但它由于缺少变量而以某种方式抱怨。 ..

有人可以给我一个建议吗？我也很乐意回答任何问题，因为我不确定如何正确地提出这个问题。提前致谢。

编辑部署到闪亮的服务器

由于 Colin D 在评论中询问如何在闪亮的服务器上部署这些包，我想演示一下我是如何做到的。

首先，我直接通过命令行以 root 的身份使用以下命令将我的包安装在闪亮的服务器上。

su - -c "R -e \"devtools::install_github('user/shinypackage')\""

下一步是更改包文件夹的所有者

chown -R shiny:shiny /usr/local/lib/R/site-library/shinypackage/

然后我重新启动闪亮的服务器，因为这有时会出现缓存等问题。

systemctl restart shiny-server

这些是我更新 shiny 应用程序时执行的步骤。我通常以 root 身份在一行中再次执行此操作

su - -c "R -e \"devtools::install_github('user/shinypackage')\"" &  chown -R shiny:shiny /usr/local/lib/R/site-library/shinypackage/ & systemctl restart shiny-server

我们还需要做的一件事是在 shiny-server.conf 文件中设置目录。我只是添加了包路径+保存ui.R和server.R的应用程序目录。

  location /shinypackage {
    app_dir /usr/local/lib/R/site-library/shinypackage/application;
    log_dir /var/log/shiny-server;
  }

然后我必须使用systemctl restart shiny-server重新启动服务器。

这正在 Ubuntu 服务器上使用。

Answer 1

当我将闪亮的应用程序作为独立包制作时，我通常这样组织文件：

在R目录中：

我支持该应用程序的所有方法（如果它们将在 ui.R、server.R 或 global.R 文件中使用，则应导出它们）
一个launch_application函数

launch_application的定义类似于：

launch_application <- function(x, ...)
{
  shiny::runApp(appDir = system.file("application", package = [my_pkg]),
                ...)
}

在inst目录下

application/server.R
application/ui.R
application/global.R

构建并安装包后，我只需要运行

library(my_pkg)
launch_application(...)

Answer 2

已经有一个接受了很多投票的答案，但我想补充一些东西，所以我也会回答自己。更多信息可以看我的文章Supplementing your R package with a Shiny app.

这是我使用的文件夹结构：

- mypacakge
  |- inst
      |- myapp
         |- ui.R
         |- server.R
  |- R
     |- runApp.R
     |- ...
  |- DESCRIPTION
  |- ...

在 R/ 文件夹中，我放置了所有 non-shiny 代码。闪亮应用程序本身的代码位于 inst/ 中。 R/runApp.R 文件定义为

#' @export
runExample <- function() {
  appDir <- system.file("myapp", package = "mypackage")
  if (appDir == "") {
    stop("Could not find myapp. Try re-installing `mypackage`.", call. = FALSE)
  }

  shiny::runApp(appDir, display.mode = "normal")
}

（您可以在实际操作中看到这一点；例如，shinyalert 将此结构用于其演示应用程序）。

在评论中，您询问了如何将其部署在闪亮的服务器上。很简单，您只需拥有一个文件 /srv/shiny-server/myapp.app.R 即可调用并运行该包（在服务器上安装该包之后）：

dir <- system.file("myapp", package = "mypackage")
setwd(dir)
shiny::shinyAppDir(".")

（您也可以在实际操作中看到这一点，代码 here）

Answer 3

许多带有概念验证 Shiny 演示的包并不是为在 Shiny Server 上部署而设计的，而是在 RStudio 的运行函数中包含类似这样的东西：

fooRun <- function() {
   app <- shinyApp(appUI, appServer)
   runApp(app, launch.browser = TRUE, ...)
}

此函数在 Shiny Server 中不起作用（您不能在 runApp 中运行 runApp），但它提供了一些关于如何创建 app.R 可以作为占位符在 /srv/shiny-server/foo/app.R

中使用

library("foo")
shinyApp(ui = foo:::appUI, server = foo:::appServer)

开发闪亮​​的应用程序作为一个包并将其部署到闪亮的服务器

developing shiny app as a package and deploying it to shiny server

r

devtools

shiny

shiny-server

开发闪亮的应用程序作为一个包并将其部署到闪亮的服务器