更改 header 带序号的 fasta 文件

Question

如何使用 awk/sed/grep 更改文件中更多 fasta 序列的 header，例如：

>chromosome1|2199-2200
----------------------

>chromosome1|3546-3548
----------------------

>chromosome1|6489-6548
----------------------

对此：

>chromosome1-1|2199-2200
------------------------

>chromosome1-2|3546-3548
------------------------

>chromosome1-3|6489-6548
------------------------

目前我只能在名称的开头或结尾添加一个序号，例如：

awk '/^>/{gsub(/^>/,">Seq"i++" ");}1'

>Seq1chromosome1|2199-2200

Answer 1

$ awk '/>/{sub(/\|/,"-"++i"|")}1' file
>chromosome1-1|2199-2200
----------------------

>chromosome1-2|3546-3548
----------------------

>chromosome1-3|6489-6548
----------------------

更改 header 带序号的 fasta 文件

Change header of fasta file with sequential numbers

bash

awk

sed

gsub

fasta