根据区域指定和绘制 PCA 站点符号

Question

我在下面的例子中创建了一个主成分分析，我知道要让绘图根据另一个变量改变符号（例如，我刚刚使用了从 1 到 5 的一组区域）。

我想知道如何为每个区域指定绘图符号，因为我不喜欢默认值。

这是我的例子：

## load vegan

require("vegan")

## load the Dune data
data(dune)

## run pca
dune_pca <- rda(dune)

## create zones for e.g. 
zone <- c(1,1,1,1,2,2,2,2,3,3,3,3,4,4,4,4,5,5,5,5)

## plot blank PCA and add sites with 
## symbol varying accoring to zone
plot(dune_pca, type = "n", scaling = 3)
points(dune_pca, display = "sites", scaling = 3, pch = zone)

Answer 1

我会制作一个我想要的字符的向量，然后按区域对其进行子集化

zone_pch <- c(16, 10, 3, 8, 2)
plot(dune_pca, type = "n", scaling = 3)
points(dune_pca, display = "sites", scaling = 3, pch = zone_pch[zone])

根据区域指定和绘制 PCA 站点符号

Specifying and plotting PCA site symbols according to zone

r

pca

vegan