不同环境中的 jupyter notebook 运行内核

Question

我陷入了某种可怕的 virtualenv 混乱之中。帮忙？！

我使用 conda 管理环境。直到最近，我只有一个 python2 jupyter notebook 内核，但我决定把自己踢着尖叫着拖进 21 世纪，并安装了一个 python3 内核；我忘了我是怎么做到的。

我的主要（anaconda）python 默认为 2.7。

所以我在这里，愉快地尝试使用我闪亮的新 python3 内核中的漂亮汤，但我似乎无法做任何事情来获取它在其中查找包的任何环境。 Viz（全部来自笔记本）：

from bs4 import BeautifulSoup 

-> ImportError: No module named 'bs4'

好的，好的，我会使用 shell 魔法安装它。正确的？正确的？

! pip install bs4

--> Collecting bs4
  Downloading bs4-0.0.1.tar.gz
Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): beautifulsoup4 in /Users/[MY-USER]/anaconda/lib/python2.7/site-packages (from bs4)
[...]
Successfully built bs4
Installing collected packages: bs4
Successfully installed bs4-0.0.1

from bs4 import BeautifulSoup 

-> ImportError: No module named 'bs4'

哦不。即使我运行正在使用 python3 内核，它是否认为我处于 2.7 环境中？那不行。

! conda info --envs
--> # conda environments:
#
flaskenv                 /Users/[MY-USER]/anaconda/envs/flaskenv
mesa                     /Users/[MY-USER]/anaconda/envs/mesa
py35                     /Users/[MY-USER]/anaconda/envs/py35
root                  *  /Users/[MY-USER]/anaconda

好的，我可以解决这个问题。其中之一是 3.5 环境。

! source activate py35
--> prepending /Users/[MY-USER]/anaconda/envs/py35/bin to PATH

! conda install beautifulsoup4
--> Fetching package metadata .......
Solving package specifications: ..........

# All requested packages already installed.
# packages in environment at /Users/[MY-USER]/anaconda:
#
beautifulsoup4            4.4.1                    py27_0

关于...

! pip install bs4
--> Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): bs4 in /Users/[MY-USER]/anaconda/lib/python2.7/site-packages

更多关于...

from bs4 import BeautifulSoup 

-> ImportError: No module named 'bs4'

啊！！！ headdesk 我是否必须杀死内核才能修复此问题（并重新运行一些工作）？杀死内核甚至会起作用吗？我如何让我的 jupyter 内核知道它应该在什么环境下运行ning？

谢谢！

Answer 1

这是 ipython/Jupyter 的棘手部分。可用的内核集与启动 jupyter Notebook 时的 virtualenv 无关。诀窍是在您希望 jupyter 唯一标识自己的环境中设置 ipykernel 包。来自 docs on multiple ipykernels、

source activate ENVNAME
pip install ipykernel
python -m ipykernel install --user --name ENVNAME --display-name "Python (whatever you want to call it)"

如果你只想拥有一个 Python 3 内核，在 conda 环境中，只需使用 python -m ipykernel install --user 它将默认 python 重置为 virtualenv 中的内核.

是的，您需要重新启动内核并重新运行之前的步骤。

另见

Answer 2

如果您的环境已经创建，@tschundler 的解决方案将完美运行。

如果您想在创建虚拟环境时更改默认内核并避免任何手动配置，只需在 conda 命令末尾添加 jupyter：

conda create --name ENVNAME python=PYTHONVERSION jupyter

当您使用 ipython 或 jupyter notebook 时，将使用正确的内核。

Answer 3

在我的例子中，jupyter 无法 'pick' 虚拟环境的 python。所以我不得不编辑 ~/.local/share/jupyter/kernels/{my_env_name}/kernel.json 并添加解释器的路径

在 argv 键中。

Answer 4

这里还有一个简单的方法

workon my-virtualenv-name  # activate your virtualenv, if you haven't already
pip install tornado==4.5.3
pip install ipykernel==4.8.2

您现在应该能够在 IPython 笔记本菜单中看到您的内核：内核 -> 更改内核并能够切换到它（您可能需要刷新页面才能出现在列表中). IPython 以后会记住该笔记本使用哪个内核。

这对我有用。 source

Answer 5

pip install --user ipykernel
python -m ipykernel install --user --name=myenv

Output
Installed kernelspec myenv in /home/user/.local/share/jupyter/kernels/myenv

然后转到上面的目录打开 kernel.json

{
 "argv": [
  "/home/user/anaconda3/envs/myenv/bin/python", # path to your virtual environment python
  "-m",
  "ipykernel_launcher",
  "-f",
  "{connection_file}"
 ],
 "display_name": "myenv",
 "language": "python"
}

不同环境中的 jupyter notebook 运行内核

jupyter notebook running kernel in different env

python

packages

jupyter

conda

virtual-environment

不同环境中的 jupyter notebook 运行 内核

jupyter notebook running kernel in different env

python

packages

jupyter

conda

virtual-environment

不同环境中的 jupyter notebook 运行内核