将新的 R 包添加到托管的 Beaker Lab 笔记本

Question

我想使用一个 R 包，它不包含在 Beaker 的托管版本 Beaker Lab 的默认安装中。代码：

install.packages("raster")

失败并显示消息：

Error
Installing package into '/usr/local/lib/R/site-library'

有没有办法在 Beaker Lab 中安装新库？

Answer 1

要安装 R 包：

1) 打开 scratch space，点击 BROWSE 并创建一个目录 rpackages

2) 创建一个空白的 R 笔记本

3) 输入：

install.packages(‘packagename’, ‘/mnt/scratch/rpackages’, repos=’http://cran.us.r-project.org’)

和运行单元格

4) 等待安装完成

5) 如果安装挂起一段时间，则表示出现故障 -> 重新加载浏览器，关闭笔记本，重新打开笔记本并重新执行安装命令。这将从阻塞之前的位置继续。

要使用已安装的软件包：

在您的 R 笔记本中，在第一个单元格（或使用包之前的单元格）中键入：

.libPaths(c(‘/mnt/scratch/rpackages’,.libPaths()))

和运行单元格

这是 Beaker Lab 中的示例

Adding new R packages to hosted Beaker Lab notebook