JAGS 模型中的节点与父节点不一致 (R)

Question

我是 JAGS 的新手，我正在尝试运行简单的逻辑回归。我的数据文件非常简单：响应是二进制的，我使用的一个预测器具有三个级别。像这样：

col1: 1 2 2 2 1 1 1 2 1 2 ... 
col2: HLL, HLL, LHL, LLL, LHL, HLL ...

虚拟编码

col2中的等级是HLL, LHL, LLL。我对其进行了虚拟编码并创建了一个如下所示的数据框：

(intercept) HLL LHL LLL
1           1   0   0   1
2           1   0   0   1
4           1   0   0   1
5           1   0   1   0
6           1   0   1   0
7           1   0   0   1

资料列表

我的数据文件 (myList) 看起来像这样：

List of 5
$ y  : num [1:107881] 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
$ N  : num 500
$ HLL: num [1:107881] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ LHL: num [1:107881] 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 ...
$ LLL: num [1:107881] 1 1 1 0 0 1 1 1 1 0 ...

我正在使用 N=500 因为完整的数据框很大，我只是想测试一下。

型号

cat(

    "model {
        for( i in 1 : N ){

            y[i] ~ dbern(mu[i])
            mu[i] <- 1/(1+exp(-(a + b*HLL[i] + c*LHL[i] + d*LLL[i])))
            }

            a ~ dnorm(0, 1.0e-12)
            b ~ dnorm(0, 1.0e-12)
            c ~ dnorm(0, 1.0e-12)
            d ~ dnorm(0, 1.0e-12)

            }", file = "model.txt"

)

运行模型+误差

model = jags.model(file = "model.txt", 
    data = myList,
    n.chains = 3, n.adapt = 500)

我收到错误

Error in jags.model(file = "model.txt", data = antPenList, n.chains = 3,  : 
Error in node y[1]
Node inconsistent with parents

Answer 1

dbern 分布期望在 {0,1} 而不是 {1,2} 中响应，因为您似乎已经对其进行了编码，因此您需要从 y 值中减去 1。

你得到这个错误有点奇怪，因为 dbern 通常不会给出其他响应值的错误（它基本上使 <0 = 0 和 >1 = 1）。该错误可能源于响应拟合所有相同值这一事实，但如果这不能解决问题，那么您可以尝试以下操作：

1) 尝试稍微提高 a/b/c/d 的先验精度 - 10^12 的方差很大

2) 而不是：

mu[i] <- 1/(1+exp(-(a + b*HLL[i] + c*LHL[i] + d*LLL[i])))

你可以这样写：

logit(mu[i]) <- -(a + b*HLL[i] + c*LHL[i] + d*LLL[i])

这也可能有助于 JAGS 将其识别为 GLM 并启动适当的采样器 - 请记住加载 glm 模块。

3) 为 a/b/c/d 设置一些与您的数据大致一致的初始值（可能是使用 R 中的 glm() 拟合得到的）

Answer 2

我用

解决了

mu[i] <- 1/(1.000001+exp(-(a + b*HLL[i] + c*LHL[i] + d*LLL[i])))

JAGS 模型中的节点与父节点不一致 (R)

Node inconsistent with parents in JAGS model (R)

r

logistic-regression

bayesian

jags

虚拟编码

资料列表

型号

运行模型+误差

我收到错误