Perl

Question

我运行遇到了一个较大脚本的一小部分的问题。我正在尝试将文件名作为散列值存储在数组中，以便以后能够列出所有文件名。下面是我构建哈希 %extramapped:

的循环

for (my $i=0; $i<scalar(@refgenomes); $i++) {
            my $extraRefPath = $refgenomes[$i];
            my @extraFieldRef = split("/", $extraRefPath);
            my @extraFullRefName = split("\.", $extraFieldRef[-1]);
            my $extraRefName = $extraFullRefName[0];
            my $extraTempOutFile = $gzFile.$extraRefName.".sort.bam";
            my $extraCmd = "$bwa bam2bam -n 0.01 -o 2 -l 16500 -g $extraRefPath <($fixpair -o /dev/stdout $tempOutFile) | samtools sort -o /dev/stdin ".$gzFile.".sort"." >$extraTempOutFile";
            push(@listTargets, $extraTempOutFile);
            push(@{$extramapped{$extraRefName}}, $extraTempOutFile);
            $stringMakeToPrint = $stringMakeToPrint.$extraTempOutFile.": ".$tempOutFile."\n\t$extraCmd\n\n";

当我用 Data::Dumper 检查散列的内容时，它看起来和我预期的一样：

>

 $VAR1 = {
>           'rCRS' => [
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L001_R1_001.fastq.gzrCRS.sort.bam',
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L001_R1_002.fastq.gzrCRS.sort.bam',
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L001_R1_003.fastq.gzrCRS.sort.bam',
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L002_R1_001.fastq.gzrCRS.sort.bam',
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L002_R1_002.fastq.gzrCRS.sort.bam',
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L002_R1_003.fastq.gzrCRS.sort.bam'
>                     ],
>           'Copy_NC' => [
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L001_R1_001.fastq.gzCopy_NC.sort.bam',
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L001_R1_002.fastq.gzCopy_NC.sort.bam',
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L001_R1_003.fastq.gzCopy_NC.sort.bam',
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L002_R1_001.fastq.gzCopy_NC.sort.bam',
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L002_R1_002.fastq.gzCopy_NC.sort.bam',
> '..//Sample_LP30/LP30_CCTAGGT-ACCTAGG_L002_R1_003.fastq.gzCopy_NC.sort.bam'
>                        ]
>         };

但是，我很难恢复这些文件名。我虽然可以用 join(" ", @{$extramapped{$extraRefName}}) 做到这一点，但它的行为并不像我预期的那样。当我简单地要求它打印列表时：

my $extraFileList = join(" ", @{$extramapped{$extraRefName}});
print "This is the extra file list $extraFileList\n";

我得到了预期的列表：

> This is the extra file list ..//Sample_LP32/LP32_GCTCGAA-ACTTCAA_L001_R1_001.fastq.gzCopy_NC.sort.bam ..//Sample_LP32/LP32_GCTCGAA-ACTTCAA_L001_R1_002.fastq.gzCopy_NC.sort.bam ..//Sample_LP32/LP32_GCTCGAA-ACTTCAA_L002_R1_001.fastq.gzCopy_NC.sort.bam ..//Sample_LP32/LP32_GCTCGAA-ACTTCAA_L002_R1_002.fastq.gzCopy_NC.sort.bam

但是当我尝试将其合并到这样的循环中时：

for (my $i=0; $i<scalar(@refgenomes); $i++) {
    my $extraFileList = join(" ", @{$extramapped{$extraRefName}});
    my $extraMmfCmd = "$samtools merge $extraFileList | $retrieve /dev/stdin /dev/stdout | $rmdup -c -o $extraMapFileName /dev/stdin";

我收到以下错误并且循环终止。

> Can't use an undefined value as an ARRAY reference at line 152.

我不明白为什么在这种情况下输出不同。谁能给我解释一下？建议如何解决？

干杯，安娜

Answer 1

@{...} 取消引用 数组引用。所以如果它在这里爆炸：

my $extraFileList = join(" ", @{$extramapped{$extraRefName}});

那么这显然是 $extramapped{$extraRefName} 没有将数组引用存储到解引用的结果。

或者，

$extraRefName 不再引用有效密钥
或者，$extramapped{$extraRefName} 被别的东西删除了。

一些人采用了避免此错误的做法，通过或-ing它与一个空数组引用：@{ $hash{ $keyNotThere } || [] }。虽然，这在数组创建中往往有点浪费。你真正想要的是一个更麻烦的：

ref( $aref ) eq 'ARRAY' ? @$aref : ();

（当然，Perl 向导可能已经优化了空数组取消引用。）

Perl - 尝试访问存储为散列值的数组时出错

Perl - error trying to access array stored as hash value

arrays

hash

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