如何在 igraph 中绘制图案？

Question

我使用 igraph 包来获取蛋白质-蛋白质相互作用网络中的图案，它有一个矢量输出，但我需要绘制或绘制图案，图案图。

R 中的代码：

 motifs(graph_object, size = 3)

输出：

1 NA NA 5 3

如何在 R 和 igraph 中获取图案图？这里有四个图案吗？

注：此题不同于How to mine for motifs in R with iGraph

Answer 1

将要搜索的motif构造为"template graph"（例如，创建一个三角形图），然后使用subgraph_isomorphisms从模板图的顶点找到所有映射来自蛋白质-蛋白质相互作用网络的顶点，induced_subgraph 与 lapply 相结合，将映射列表转换为实际的基序。示例：

> pattern <- graph.full(3)
> my.graph <- grg.game(100, 0.2)        # just an example graph, use yours
> iso <- subgraph_isomorphisms(pattern, my.graph)      # takes a while
> motifs <- lapply(iso, function (x) { induced_subgraph(my.graph, x) })

motifs 将是一个图表列表，您可以使用 plot().

一个一个地绘制它们