如何避免打印/显示消息

Question

之前有人问过这个问题，但没有一个答案对我有用。

我正在使用图书馆 rhdf5 from bioconductor.org to read HDF5 files: source("http://bioconductor.org/biocLite.R"); biocLite("rhdf5"); 图书馆(rhdf5);

当我使用 h5read 函数读取包含引用的特定变量时，会打印以下警告消息：

"Warning: h5read for type 'REFERENCE' not yet implemented. Values replaced by NA's"

（它不像RStudio中的错误和警告那样显示为红色。只是黑色）

警告对我来说没问题，因为我不需要那些参考资料。但是我使用这个函数来读取数百个变量，所以我的屏幕被这些消息污染了。例如：

a <-h5read(f, "/#Link2#")
Warning: h5read for type 'REFERENCE' not yet implemented. Values replaced by NA's
Warning: h5read for type 'REFERENCE' not yet implemented. Values replaced by NA's

我已经尝试了我找到的所有建议 (capture.output, suppressMessage/Warning, sink, options(warn, max.print, show.error.messages):

capture.output(a <- h5read(f, "/#Link2#"), file='/dev/null')
为了以防万一，我也试过隐形：invisible(capture.output(a <- h5read(f, "/#Link2#"), file='/dev/null'))
suppressWarnings(suppressMessages(a <- h5read(f, "/#Link2#")))
我也尝试了suppressForeignCheck和suppressPackageStartupMessages以防万一
{sink("/dev/null"); a <-h5read(f, "/#Link2#"); sink()}
{options(warn=-1, max.print=1,show.error.messages=FALSE); a <-h5read(f, "/#Link2#") }

他们都不断发出相同的警告信息。

有谁知道我可以尝试的任何其他方法，或者为什么这些方法不起作用？

图书馆如何设法跳过所有这些来打印消息？听起来我可能做错了什么......

感谢任何帮助。

作为参考，这些是我使用的其他帖子：

r: do not show warnings
How to suppress warnings globally in an R Script
suppress messages displayed by "print" instead of "message" or "warning" in R
Suppress one command's output in R

Answer 1

您应该要求 maintainer("rhdf5") 提供解决方案 -- 降低打印消息的频率，并使用标准 R 警告 -- 该消息来自 C code 并使用 printf() 而不是 Rf_warning() 或 Rf_ShowMessage() 或 Rprintf() / REprintf().

这是问题的说明

> library(inline)
> fun = cfunction(character(), 'printf("hello world\n"); return R_NilValue;')
> fun()
hello world
NULL
> sink("/dev/null"); fun(); sink()
hello world
>

和解决方案——使用 Rf_warning() 生成 R 警告。该示例还说明了如何通过 Rprintf() 写入 R 的输出流然后允许使用接收器捕获输出。

> fun = cfunction(character(), 'Rf_warning("hello world"); return R_NilValue;')
> x = fun()
Warning message:
In fun() : hello world
> x = suppressWarnings(fun())
> fun = cfunction(character(), 'Rprintf("hello world\n"); return R_NilValue;')
> sink("/dev/null"); fun(); sink()
>

不过，

None 其中的内容可以直接帮助您！

UPDATE 维护者更新了包的 'devel' 分支中的代码，版本 2.17.2.

如何避免打印/显示消息

How to avoid printing / showing messages

r

suppress-warnings

bioconductor

rstudio

rhdf5