如何使用 C++ 库找出 HDF5 中数据集的 PredType

Question

所以我刚刚发现，如果我将 unsigned char 数组写入我的 HDF5 文件中的 float 数据集，库不会抱怨。因此，我想在写之前检查一下这两者实际上是兼容的。所以对于我的 unsigned char 数组，我有相应的 PredType。但是如果我没记错的话，数据集没有提供明显的方法来获取 PredType。

问题：给定一个H5::Dataset，如何获取用于初始化它的PredType？

Answer 1

https://www.hdfgroup.org/HDF5/doc/cpplus_RM/readdata_8cpp-example.html 上的示例代码演示了如何执行此操作。

综上所述；您可以使用 DataSet::getTypeClass() 函数找到存储数据的 "class"。然而，此 "class" 并未完全定义数据类型，因为它不允许您推断大小（即 8 位、32 位等）或符号表示（即无符号、2 的补码）本机类型。

以float为例；您还需要使用 DataSet::getFloatType() 并使用 FloatType::getSize() 来推断数据类型是 PredType::NATIVE_FLOAT 还是 PredType::NATIVE_DOUBLE，如：

auto dataClass = dataSet.getTypeClass();

if(dataClass == H5T_FLOAT)
{
    auto floatType = dataSet.getFloatType();

    size_t byteSize = floatType.getSize();

    if(byteSize == 4) 
    {
         // use PredType::NATIVE_FLOAT to write
    }
    else if(byteSize == 8)
    { 
         // use PredType::NATIVE_DOUBLE to write
    }
}

对于整数的符号表示，需要使用IntType::getSign()。

Answer 2

另一种解决问题的方法（即找出 HDF5 数据集的数据类型）是使用 C++ 工具 HDFql，如下所示（此示例假定文件 example.h5和数据集 my_dataset 已经存在）：

// include HDFql C++ header file (make sure it can be found by the C++ compiler)
#include <iostream>
#include "HDFql.hpp"

int main(int argc, char *argv[])
{
    int data_type;

    // get data type of dataset "my_dataset" from HDF5 file "example.h5" and populate HDFql default cursor with it
    HDFql::execute("SHOW DATA TYPE example.h5 my_dataset");

    // move HDFql default cursor to first position
    HDFql::cursorFirst();

    // retrieve data type from HDFql default cursor
    data_type = *HDFql::cursorGetInt();

    // print message according to data type
    if (data_type == HDFql::TinyInt || data_type == HDFql::VarTinyInt)
        std::cout << "Data type is a char";
    else if (data_type == HDFql::UnsignedTinyInt || data_type == HDFql::UnsignedVarTinyInt)
        std::cout << "Data type is an unsigned char";
    else if (data_type == HDFql::SmallInt || data_type == HDFql::VarSmallInt)
        std::cout << "Data type is a short";
    else if (data_type == HDFql::UnsignedSmallInt || data_type == HDFql::UnsignedVarSmallInt)
        std::cout << "Data type is an unsigned short";
    else if (data_type == HDFql::Int || data_type == HDFql::VarInt)
        std::cout << "Data type is an int";
    else if (data_type == HDFql::UnsignedInt || data_type == HDFql::UnsignedVarInt)
        std::cout << "Data type is an unsigned int";
    else if (data_type == HDFql::BigInt || data_type == HDFql::VarBigInt)
        std::cout << "Data type is a long long";
    else if (data_type == HDFql::UnsignedBigInt || data_type == HDFql::UnsignedVarBigInt)
        std::cout << "Data type is an unsigned long long";
    else if (data_type == HDFql::Float || data_type == HDFql::VarFloat)
        std::cout << "Data type is a float";
    else if (data_type == HDFql::Double || data_type == HDFql::VarDouble)
        std::cout << "Data type is a double";
    else if (data_type == HDFql::Char || data_type == HDFql::VarChar)
        std::cout << "Data type is a char";
    else if (data_type == HDFql::Opaque)
        std::cout << "Data type is an opaque";
    else if (data_type == HDFql::Enumeration)
        std::cout << "Data type is an enumeration";
    else if (data_type == HDFql::Compound)
        std::cout << "Data type is a compound";
    else
        std::cout << "Unknown data type";

    return 0;
}

最后，如果您需要获取数据集 my_dataset 的字节顺序或大小，请执行 HDFql::execute("SHOW ENDIANNESS example.h5 my_dataset"); 或 HDFql::execute("SHOW SIZE example.h5 my_dataset");。

如何使用 C++ 库找出 HDF5 中数据集的 PredType

How to find out the PredType of a dataset in HDF5 using the C++ library

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