'Symbol lookup error' 与 netlib-java

Question

背景与问题

我遇到了一些麻烦运行机器上 Spark 的 MLLib 中的示例运行 Fedora 23。我根据 Spark 文档使用以下选项构建了 Spark 1.6.2：

build/mvn -Pnetlib-lgpl -Pyarn -Phadoop-2.4 \
  -Dhadoop.version=2.4.0 -DskipTests clean package

以及运行二元分类示例：

bin/spark-submit --class org.apache.spark.examples.mllib.BinaryClassification \
  examples/target/scala-*/spark-examples-*.jar \
  --algorithm LR --regType L2 --regParam 1.0 \
  data/mllib/sample_binary_classification_data.txt

我收到以下错误：

/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.92-1.b14.fc23.x86_64/jre/bin/java: symbol lookup error: /tmp/jniloader5830472710956533873netlib-native_system-linux-x86_64.so: undefined symbol: cblas_dscal

这种形式的错误（netlib 的符号查找错误）不限于此特定示例。另一方面，Elastic Net 示例 (./bin/run-example ml.LinearRegressionWithElasticNetExample) 运行没有问题。

尝试过的解决方案

我尝试了很多解决方案都无济于事。例如，我在 https://datasciencemadesimpler.wordpress.com/tag/blas/ 处仔细阅读了一些建议，虽然我可以从 com.github.fommil.netlib.BLAS 和 LAPACK 成功导入，但上述符号查找错误仍然存在。

我已通读 fommil/netlib-java 处的 netlib-java 文档，并确保我的系统具有 libblas 和 liblapack 共享对象文件：

 $ ls /usr/lib64 | grep libblas
libblas.so
libblas.so.3
libblas.so.3.5
libblas.so.3.5.0

$ ls /usr/lib64 | grep liblapack
liblapacke.so
liblapacke.so.3
liblapacke.so.3.5
liblapacke.so.3.5.0
liblapack.so
liblapack.so.3
liblapack.so.3.5
liblapack.so.3.5.0

我找到的最有希望的建议在这里 http://fossdev.blogspot.com/2015/12/scala-breeze-blas-lapack-on-linux.html，建议包括

JAVA_OPTS="- Dcom.github.fommil.netlib.BLAS=com.github.fommil.netlib.NativeRefBLAS"

在 sbt 脚本中。因此，我在 build/mvn 脚本中将这些选项附加到 _COMPILE_JVM_OPTS="..." ，这也没有解决问题。

最后，我在网上找到的最后一点建议是将以下标志传递给 sbt：

sbt -Dcom.github.fommil.netlib.BLAS=com.github.fommil.netlib.F2jBLAS \
-Dcom.github.fommil.netlib.LAPACK=com.github.fommil.netlib.F2jLAPACK \
-Dcom.github.fommil.netlib.ARPACK=com.github.fommil.netlib.F2jARPACK

问题再次出现。我的 post 中仅限于两个链接，但建议可以在 github.

上的 lildata 'scaladatascience' 回购的 README.md 中找到

有没有人遇到过这个问题并成功解决了？非常感谢任何和所有帮助或建议。

Answer 1

几个月过去了，但我又回到了这个问题，并且能够找到一个有效的解决方法（张贴在这里以防其他人遇到同样的问题）。

归结为库优先；所以，通过调用：

$ export LD_PRELOAD=/path/to/libopenblas.so

在启动 Spark 之前，一切都按预期进行。

看了之后想出了解决办法：

https://github.com/fommil/netlib-java/issues/88（直接解决这个问题）
JNI "symbol lookup error" in shared library on Linux（类似的链接问题，与 Spark 无关，但关于链接的答案提供了信息）

'Symbol lookup error' 与 netlib-java

'Symbol lookup error' with netlib-java

java

apache-spark

java-native-interface

fedora

blas

背景与问题

尝试过的解决方案