按相关性对 rentrez 中的公开搜索进行排序

Question

我正在使用 R 中的 rentrez 包搜索 PubMed，并希望按相关性对结果进行排序。目前它们按发布日期排序。

library(rentrez)

query = 'regression to the mean[TITL]'
entrez_search = entrez_search(db="pubmed", term=query, retmax=30)
paper_data = entrez_summary(db="pubmed", id=entrez_search$ids)
dates = extract_from_esummary(paper_data, c("pubdate"))

Answer 1

extract_from_esummary 用于 paper_data 摘要并调用选定的参数。在你的情况下是 pubdate.

当您检查 paper_data 的结构时，例如通过使用 str(paper_data) 然后你会注意到你可以作为 extract_from_esummary 的第二个参数的元素，例如按 ISSN 排序：

issn <- extract_from_esummary(paper_data, c("issn"))

很遗憾，我看不到任何与相关性相似的内容。

Answer 2

据我了解，"relevance" 信息与给定的搜索相关联（不是记录摘要或稍后可能下载的完整记录），并且没有分数或类似说明给定的相关性如何搜索结果在 entrez search 返回的数据中。

另一方面，我认为 sort=relevance 论点正在发挥作用。如果您发送相同的搜索两次，则 ID 的顺序相同：

default_search = entrez_search(db="pubmed", term=query, retmax=30)
default_search_again = entrez_search(db="pubmed", term=query, retmax=30)
all(default_search$ids == default_search_again$ids)

.

[1] TRUE

而将顺序设置为 relevance 会更改顺序：

rel_search = entrez_search(db="pubmed", term=query, retmax=30, sort="relevance")
default_search$ids == rel_search$ids

.

 [1]  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE
[25] FALSE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE

稍后调用摘要、获取和 link 函数应保持此顺序，因此这可能是跟踪相关信息的最简单（唯一？）方法？

按相关性对 rentrez 中的公开搜索进行排序

Sort pubmed searches from rentrez by relevance

r

sorting

ncbi

pubmed

rentrez