Seaborn 条带图和误差条

Question

我有一个 pandas 数据框，其中包含如下所示的分类数据：

      cat     DM3_r  DM3_r_err
133   stuff  9.908949   0.442363
1347  foo  1.156828   0.130174
132   bar  0.818709   0.593341
1350  stack  0.798348   0.089866
977   over  0.724274   0.462868
1054  flow  0.546665   0.538208
1228  run  0.425070   0.571659
1009  run  0.316554   0.259385
1109  yadG  0.304657   0.401482

我正在使用 seaborn 的 stripplot 来可视化数据：

seaborn.stripplot(df.DM3_r, df.cat, size=7, orient="h", 
              palette="Reds_r", edgecolor="gray", ax=ax.flat[i], linewidth=.5)

在这种情况下，

用于 "cat" 的不同组。这很好用。但是，我想添加错误 "DM3_r_err".

我已经尝试从 matplotlib errorbar 在顶部添加一个错误条图，但我无法提取 seaborn 图表中点的位置。这可能是因为我使用的是子图。

有没有直接使用seaborn的方法？

这是脱衣图的样子（左），右侧是我的目标：

Answer 1

可能有更聪明的方法来 select 来自 Pandas.DataFrame 的数据，但像这样的方法可行：

import pandas as pd
import matplotlib.pylab as pl
import seaborn
import numpy as np

pl.close('all')

data = [['hsdM', 3.908949, 1.442363],
        ['lolD', 1.156828, 0.456434],
        ['lolD', 3.156828, 0.230174],
        ['acrB', 0.546665, 0.538208],
        ['msbA', 0.425070, 0.571659],
        ['msbA', 2.425070, 1.571659],
        ['emrA', 0.316554, 1.259385],
        ['yadG', 0.304657, 0.401482]]

df = pd.DataFrame(data, columns=['gene','DM3_r','DM3_r_err'])

pl.figure()
ax = pl.subplot(111)

# Everywhere below you would have to replace `ax` with your `ax.flat[i]`
sp = seaborn.stripplot(df.DM3_r, df.gene, size=7, orient="h", 
                     palette="Reds_r", edgecolor="gray", ax=ax, linewidth=.5)

for y,ylabel in zip(ax.get_yticks(), ax.get_yticklabels()):
    f = df['gene'] == ylabel.get_text() 
    ax.errorbar(df.DM3_r[f].values, np.ones_like(df.DM3_r[f].values)*y, xerr=df.DM3_r_err[f].values, ls='none')

Seaborn 条带图和误差条

Seaborn stripplot and errorbars

python

matplotlib

subplot

seaborn