使用 python 替换 netCDF 文件中的值

Question

我想替换下面所有的 -999.0 值。 netCDF 文件由 0.0.该文件在这里： https://www.dropbox.com/s/ohh7tntzm2pj1uw/all_SSP3_BaU_NoCC.nc?dl=0

这是我的函数：

def modify_nc_value(path_inp, name_var, val_to_modify, new_value):
    """
    Replace value in netCDF vriable from val_to_modify to new_value
    Args:
        path_inp:
        name_var: Name of variable for which to modify value, if -1, then change all variables
        val_to_modify:
        new_value:

    Returns:

    """
    hndl_inp = netCDF4.Dataset(path_inp, 'r+')

    if name_var == -1:
        for var, varin in hndl_inp.variables.iteritems():
            hndl_inp[var][:][hndl_inp[var][:] == val_to_modify] = new_value
    else:
        hndl_inp[name_var][:][hndl_inp[name_var][:] == val_to_modify] = new_value

    hndl_inp.close()  # Write variable back to disk

但是，该功能似乎不起作用。 None 的 -999.0 值被替换。如何解决这个问题？

Answer 1

您以追加模式打开文件 (r+)，这将只允许添加新值。确实没有 read/write 模式，因为数据集增长很快。您有两个选择：

读取数据集，打开一个新文件（mode为w，clobber为True），修改后写入，复制回原始数据集。
如果数据集很大，即 > 5T 左右，您确实需要修改代码以查找 -999.0 值。
也许有办法。我没做过these hints，不过你运气可能会更好

祝你好运！如果您成功了，请将其添加到这些答案中。

Answer 2

如果您愿意考虑从命令行执行此任务，使用 climate data operators (CDO)

很容易实现

您可以定义一个具有 0 的掩码，其中原始字段具有 -999，然后将此掩码与原始字段相乘。

cdo nec,-999.0 file.nc mask.nc
cdo mul file.nc mask.nc new_file.nc

或通过管道连接在一起

cdo mul file.nc -nec,-999.0 file.nc new_file.nc

但是，我假设 -999.0 实际上是元数据中标识的字段的 "missing value"。在这种情况下，您也可以使用

实现此目的

cdo setmissval,0 file.nc new_file.nc

变量的文件内容在这两种方式下都是相同的，但不同之处在于后一个命令还会更改元数据以将零标识为 "missing value"。这意味着 0 在 ncview 等软件中被正确识别为缺失。但是，请注意现在丢失了任何出现为零的情况，包括那些已经存在于原始文件中的情况！

使用 python 替换 netCDF 文件中的值

Replace values in netCDF file using python

python

netcdf4

cdo-climate