在 find -exec 中使用 zcat 和 sed

Question

我需要使用几个具有特定名称模式的 gzip 文件的内容创建一个大文本文件。为此，我使用了：

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec zcat {} >> all.txt \;

而且效果很好。问题是，现在我需要即时编辑文本，将特定字符“>”替换为“>文件名|”。我已经成功地完成了这个：

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec zcat {} | sed 's/>/>{}|/g' >> all.txt \;

但我收到以下错误：

我理解可怜 bash 很困惑，因为我没有正确指定每个命令的结束位置，但我不知道如何正确执行。

Answer 1

~~尝试在 -exec.~~

的参数周围加上引号 (")
find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec "zcat {} | sed 's/>/>{}|/g'" >> all.txt \;

您需要逃逸管道：

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec zcat {} \| sed 's/>/>{}|/g' >> all.txt \;

Answer 2

-exec 接受一个简单的命令及其参数；它根本不处理 shell 构造，如管道或重定向。您的原始命令与

相同

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec zcat {} \; >> all.txt

因为 shell 会立即识别输出重定向并在识别命令 (find) 及其参数之前将其从命令行中删除。

由于 sed 需要来自 find 的文件名作为其命令的一部分，因此您需要运行将管道作为参数的 shell 通过-c 选项。

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec \
  sh -c "zcat {} | sed 's/>/>{}|/g'" \; >> all.txt

这种方法有一些问题；修复它们需要使 sh 命令变得相当复杂。如果您使用 bash 4 或更高版本，我建议完全放弃 find 并使用 shell 循环以及 ** glob：

shopt -s globstar
for f in ./**/*dna.toplevel.txt.gz; do
    zcat "$f" | sed "s|>|>$f|g"
done >> all.txt

如果此命令正在创建 all.txt，您可以简单地使用 > 而不是 >>。这还假设 $f 不包含任何 | 个字符；如果是这样，您需要选择不同的分隔符。

Using zcat and sed in find -exec