我如何运行使用 windows 在 php 上爆炸

Question

我正尝试运行在我的 php 程序中进行 blast，但我没有得到任何结果。我以前从未使用过 blast，所以我不确定我应该做什么。我正在使用 windows，它工作得很好，但是当我尝试通过 php 运行它时，我没有得到任何结果。这是我的代码：

$texto = "7 qseqid qseq sseqid sseq evalue bitscore";
$cmd = "blastp -query -test_query.fa -db notas.fa -task blastp -outfmt '.$texto.' -out musica1.fa  2>&1";
$result = shell_exec($cmd);
print_r ($result);

我要的是在notas.fa数据库中搜索test_query.fa，把结果放在musica1.fa上。但是我的 musica1.fa 文件上什么也没有。有人可以帮我吗？我真的迷路了。我刚才告诉你的文件在我的目录中，我是否应该在其中放置任何其他文件才能使其正常工作？当我运行此代码时，我收到以下消息：

' Blastp ' not recognized as an internal or external command, operable program or batch file.

Answer 1

我假设当你说 'on windows' 你的意思是在命令终端和 'in my php program' 你的意思是运行在同一台 windows 机器上 blastp 通过命令终端 a php 脚本工作。

这似乎是您的用户遇到的环境路径问题，但并未为 php 脚本设置。*

尝试在 php 脚本中使用 blastp 可执行文件的完整路径名，例如：

$cmd = "C:/full/path/to/blastp ...";

我觉得不知道的可以在命令终端用where blast*找程序路径

我如何 运行 使用 windows 在 php 上爆炸

How can I run blast on php using windows

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我如何运行使用 windows 在 php 上爆炸