当我不主动使用计算机时，R 脚本停止 运行
R script stops running when I am not actively using the computer
我正在 运行 编写一个脚本，用于对 glmer 模型执行自动向后选择。脚本 运行 的连续 drop1() 命令，在每一步后自动删除具有最高 p 值的预测变量。非常耗时所以想留到运行过夜，但是R在我离开电脑的时候就停止了运行ning。
我是雪豹中的 运行ning R 3.1.1。我已经设置了系统偏好设置以防止计算机休眠，并且我还在终端中通过 运行ning "pmset noidle" 来防止休眠。尽管如此，当我将我的脚本留给 运行 时，它会在我最后一次 activity（在任何应用程序中）后静静地暂停大约 45 分钟，并在我早上再次开始使用计算机时静静地恢复。我可以大致判断脚本何时处于活动状态，因为它会定期打印时间戳。我在这个 post 的底部粘贴了输出的示例片段（主要是为了让人们可以看到时间戳）。我知道我收到了一些与模型拟合相关的警告，但我很确定这些不会导致 7.5 小时的延迟！
其他人也遇到过这种情况吗？关于如何在我离开计算机时保持我的脚本 运行ning 的任何建议？我是该网站的新手，所以请让我知道我可以提供哪些额外信息。
[1] "Wed Feb 25 21:31:59 2015"
Single term deletions
Model:
Pref ~ Nut * Subfamily + Nut * Sex + Subfamily * Sex + DrinkDur +
TrialTime + holdDur + FeedOrder + (1 | SpCode/Indiv)
Df AIC LRT Pr(Chi)
<none> 809.07
DrinkDur 1 810.77 3.703 0.05433 .
TrialTime 1 807.06 -0.011 1.00000
holdDur 1 807.37 0.306 0.58036
FeedOrder 1 810.24 3.172 0.07490 .
Nut:Subfamily 32 820.47 75.404 2.315e-05 ***
Nut:Sex 4 843.44 42.375 1.395e-08 ***
Subfamily:Sex 8 809.06 15.995 0.04245 *
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
[1] "Now dropping TrialTime"
[1] "Wed Feb 25 22:39:51 2015"
Single term deletions
Model:
Pref ~ Nut + Subfamily + Sex + DrinkDur + holdDur + FeedOrder +
(1 | SpCode/Indiv) + Nut:Subfamily + Nut:Sex + Subfamily:Sex
Df AIC LRT Pr(Chi)
<none> 807.06
DrinkDur 1 808.72 3.665 0.05556 .
holdDur 1 805.33 0.276 0.59950
FeedOrder 1 808.19 3.134 0.07667 .
Nut:Subfamily 32 818.18 75.125 2.523e-05 ***
Nut:Sex 4 841.42 42.360 1.405e-08 ***
Subfamily:Sex 8 807.18 16.125 0.04062 *
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
[1] "Now dropping holdDur"
[1] "Thu Feb 26 00:39:02 2015"
Single term deletions
Model:
Pref ~ Nut + Subfamily + Sex + DrinkDur + FeedOrder + (1 | SpCode/Indiv) +
Nut:Subfamily + Nut:Sex + Subfamily:Sex
Df AIC LRT Pr(Chi)
<none> 805.33
DrinkDur 1 806.85 3.519 0.06066 .
FeedOrder 1 806.47 3.134 0.07667 .
Nut:Subfamily 32 816.48 75.144 2.508e-05 ***
Nut:Sex 4 839.69 42.357 1.407e-08 ***
Subfamily:Sex 8 805.55 16.220 0.03934 *
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
[1] "Now dropping FeedOrder"
[1] "Thu Feb 26 08:04:21 2015"
There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
Single term deletions
Model:
Pref ~ Nut + Subfamily + Sex + DrinkDur + (1 | SpCode/Indiv) +
Nut:Subfamily + Nut:Sex + Subfamily:Sex
Df AIC LRT Pr(Chi)
<none> 806.47
DrinkDur 1 808.10 3.636 0.05655 .
Nut:Subfamily 32 819.11 76.647 1.574e-05 ***
Nut:Sex 4 840.14 41.678 1.945e-08 ***
Subfamily:Sex 8 806.69 16.222 0.03931 *
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
[1] "Now dropping DrinkDur"
[1] "Thu Feb 26 09:48:59 2015"
Single term deletions
Model:
Pref ~ Nut + Subfamily + Sex + (1 | SpCode/Indiv) + Nut:Subfamily +
Nut:Sex + Subfamily:Sex
Df AIC LRT Pr(Chi)
<none> 808.10
Nut:Subfamily 32 821.02 76.918 1.446e-05 ***
Nut:Sex 4 842.05 41.944 1.713e-08 ***
Subfamily:Sex 8 807.25 15.147 0.05635 .
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
[1] "Now dropping Subfamily:Sex"
[1] "Thu Feb 26 10:02:58 2015"
Single term deletions
Model:
Pref ~ Nut + Subfamily + Sex + (1 | SpCode/Indiv) + Nut:Subfamily +
Nut:Sex
Df AIC LRT Pr(Chi)
<none> 807.25
Nut:Subfamily 32 829.94 86.695 6.160e-07 ***
Nut:Sex 4 849.83 50.576 2.737e-10 ***
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
考虑到您用来防止计算机进入睡眠状态的选项（您是否还禁用了屏幕保护程序？），我不确定您为什么会遇到这个问题。
让我们解决这个问题，而不是试图弄清楚为什么你的计算机进入睡眠或空闲状态，尽管你试图通过设置阻止这种情况。
这是你应该做的：
- 打开一个终端window（你可以在Spotlight中找到它）
- 键入
screen 以启用 multiplexing screen program，这对于持久性很有用（主要用于远程连接到 Linux 服务器，但在这里也很有用）
- 运行 终端中的脚本 window，为您的特定 R 安装和脚本位置编辑以下命令：
/usr/bin/Rscript "/Users/usr/Documents/longscript.R"
这应该可以解决问题。如果您想格外小心或有任何问题，try running Caffeinate first.
我正在 运行 编写一个脚本，用于对 glmer 模型执行自动向后选择。脚本 运行 的连续 drop1() 命令，在每一步后自动删除具有最高 p 值的预测变量。非常耗时所以想留到运行过夜，但是R在我离开电脑的时候就停止了运行ning。
我是雪豹中的 运行ning R 3.1.1。我已经设置了系统偏好设置以防止计算机休眠，并且我还在终端中通过 运行ning "pmset noidle" 来防止休眠。尽管如此，当我将我的脚本留给 运行 时，它会在我最后一次 activity（在任何应用程序中）后静静地暂停大约 45 分钟，并在我早上再次开始使用计算机时静静地恢复。我可以大致判断脚本何时处于活动状态，因为它会定期打印时间戳。我在这个 post 的底部粘贴了输出的示例片段（主要是为了让人们可以看到时间戳）。我知道我收到了一些与模型拟合相关的警告，但我很确定这些不会导致 7.5 小时的延迟！
其他人也遇到过这种情况吗？关于如何在我离开计算机时保持我的脚本 运行ning 的任何建议？我是该网站的新手，所以请让我知道我可以提供哪些额外信息。
[1] "Wed Feb 25 21:31:59 2015"
Single term deletions
Model:
Pref ~ Nut * Subfamily + Nut * Sex + Subfamily * Sex + DrinkDur +
TrialTime + holdDur + FeedOrder + (1 | SpCode/Indiv)
Df AIC LRT Pr(Chi)
<none> 809.07
DrinkDur 1 810.77 3.703 0.05433 .
TrialTime 1 807.06 -0.011 1.00000
holdDur 1 807.37 0.306 0.58036
FeedOrder 1 810.24 3.172 0.07490 .
Nut:Subfamily 32 820.47 75.404 2.315e-05 ***
Nut:Sex 4 843.44 42.375 1.395e-08 ***
Subfamily:Sex 8 809.06 15.995 0.04245 *
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
[1] "Now dropping TrialTime"
[1] "Wed Feb 25 22:39:51 2015"
Single term deletions
Model:
Pref ~ Nut + Subfamily + Sex + DrinkDur + holdDur + FeedOrder +
(1 | SpCode/Indiv) + Nut:Subfamily + Nut:Sex + Subfamily:Sex
Df AIC LRT Pr(Chi)
<none> 807.06
DrinkDur 1 808.72 3.665 0.05556 .
holdDur 1 805.33 0.276 0.59950
FeedOrder 1 808.19 3.134 0.07667 .
Nut:Subfamily 32 818.18 75.125 2.523e-05 ***
Nut:Sex 4 841.42 42.360 1.405e-08 ***
Subfamily:Sex 8 807.18 16.125 0.04062 *
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
[1] "Now dropping holdDur"
[1] "Thu Feb 26 00:39:02 2015"
Single term deletions
Model:
Pref ~ Nut + Subfamily + Sex + DrinkDur + FeedOrder + (1 | SpCode/Indiv) +
Nut:Subfamily + Nut:Sex + Subfamily:Sex
Df AIC LRT Pr(Chi)
<none> 805.33
DrinkDur 1 806.85 3.519 0.06066 .
FeedOrder 1 806.47 3.134 0.07667 .
Nut:Subfamily 32 816.48 75.144 2.508e-05 ***
Nut:Sex 4 839.69 42.357 1.407e-08 ***
Subfamily:Sex 8 805.55 16.220 0.03934 *
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
[1] "Now dropping FeedOrder"
[1] "Thu Feb 26 08:04:21 2015"
There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
Single term deletions
Model:
Pref ~ Nut + Subfamily + Sex + DrinkDur + (1 | SpCode/Indiv) +
Nut:Subfamily + Nut:Sex + Subfamily:Sex
Df AIC LRT Pr(Chi)
<none> 806.47
DrinkDur 1 808.10 3.636 0.05655 .
Nut:Subfamily 32 819.11 76.647 1.574e-05 ***
Nut:Sex 4 840.14 41.678 1.945e-08 ***
Subfamily:Sex 8 806.69 16.222 0.03931 *
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
[1] "Now dropping DrinkDur"
[1] "Thu Feb 26 09:48:59 2015"
Single term deletions
Model:
Pref ~ Nut + Subfamily + Sex + (1 | SpCode/Indiv) + Nut:Subfamily +
Nut:Sex + Subfamily:Sex
Df AIC LRT Pr(Chi)
<none> 808.10
Nut:Subfamily 32 821.02 76.918 1.446e-05 ***
Nut:Sex 4 842.05 41.944 1.713e-08 ***
Subfamily:Sex 8 807.25 15.147 0.05635 .
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
[1] "Now dropping Subfamily:Sex"
[1] "Thu Feb 26 10:02:58 2015"
Single term deletions
Model:
Pref ~ Nut + Subfamily + Sex + (1 | SpCode/Indiv) + Nut:Subfamily +
Nut:Sex
Df AIC LRT Pr(Chi)
<none> 807.25
Nut:Subfamily 32 829.94 86.695 6.160e-07 ***
Nut:Sex 4 849.83 50.576 2.737e-10 ***
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
考虑到您用来防止计算机进入睡眠状态的选项（您是否还禁用了屏幕保护程序？），我不确定您为什么会遇到这个问题。
让我们解决这个问题，而不是试图弄清楚为什么你的计算机进入睡眠或空闲状态，尽管你试图通过设置阻止这种情况。
这是你应该做的：
- 打开一个终端window（你可以在Spotlight中找到它）
- 键入
screen以启用 multiplexing screen program，这对于持久性很有用（主要用于远程连接到 Linux 服务器，但在这里也很有用） - 运行 终端中的脚本 window，为您的特定 R 安装和脚本位置编辑以下命令：
/usr/bin/Rscript "/Users/usr/Documents/longscript.R"
这应该可以解决问题。如果您想格外小心或有任何问题，try running Caffeinate first.