将依赖的 R 包安装到 R_LIBS_USER 目录

Question

我在系统级别安装了一个库（在本例中为 ggplot2）。我想将 ggplot2 及其所有依赖项安装到 R_LIBS_USER 变量中指定的新目录中。当我运行 install.packages('ggplot2', dependencies=TRUE) 时，它似乎复制了 ggplot2 目录，但 none 复制了其他依赖项。有没有办法确保 ggplot2 依赖的其他包进入我在 R_LIBS_USER?

中指定的目录

Answer 1

也许这...假设您的 $R_LIBS_USER 环境变量已被另一个位置以某种方式推到搜索路径中的第二个位置。（检查 .libPaths() ）

 install.packages('ggplot2', lib= .libPaths[2], dependencies=TRUE)

或：

  install.packages('ggplot2', lib= Sys.getenv(("R_LIBS_USER"), dependencies=TRUE)

评论表明问题在于导入的包已经在 R 正在搜索的库中...因此不会被不必要地安装。 DESCRIPTION 文件的 Depends 条目中没有包，但 Imports 部分中有命名的包。从已安装的包中读取依赖项：

packageDescription("ggplot2", fields = c("Depends","Imports") )

#-----------
Depends: R (>= 3.1)
Imports: digest, grid, gtable (>= 0.1.1), MASS, plyr (>=
      1.7.1), reshape2, scales (>= 0.3.0), stats

-- File: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/ggplot2/Meta/package.rds 
-- Fields read: Depends, Imports

> str( packageDescription("ggplot2", fields = c("Depends","Imports") ) )
List of 2
 $ Depends: chr "R (>= 3.1)"
 $ Imports: chr "digest, grid, gtable (>= 0.1.1), MASS, plyr (>= 1.7.1),\nreshape2, scales (>= 0.3.0), stats"
 - attr(*, "class")= chr "packageDescription"
 - attr(*, "fields")= chr [1:2] "Depends" "Imports"
 - attr(*, "file")= chr "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/ggplot2/Meta/package.rds"

反对票表明有人不喜欢指出这些事实，但是......事实就是事实。

将依赖的 R 包安装到 R_LIBS_USER 目录

Installing dependent R packages to R_LIBS_USER directory

r

package-managers

cran