grDevices 保持文件打开

Question

我正在研究使用 rpy2 将现有 R 包绑定到 Web 服务的概念证明。如果需要解决此问题，我确实有包的来源。我目前也在 Windows 上开发，但是如果这个问题通过使用 Linux 来解决，那很好，因为那是我计划的环境。

对于我在这个 POC 中的第一点，我试图捕获一个由这个包制作的图表，并使用 Flask 将它提供给网络请求。完整代码：

from flask import Flask, Response
from rpy2.robjects.packages import importr
import rpy2.robjects as ro
from tempfile import TemporaryDirectory
from os import path

app = Flask(__name__)

null = ro.r("NULL")
numeric = ro.r("numeric")
grdevices = importr("grDevices")
efm = importr('euroformix')

@app.route('/')
def index():    
    table = efm.tableReader('stain.txt')
    list = efm.sample_tableToList(table)

    with TemporaryDirectory() as dir_name:
        print("Working in {0}".format(dir_name))
        png_path = path.join(dir_name, "epg_mix.png")
        print("png path {0}".format(png_path))
        grdevices.png(file=png_path, width=512, height=512)
        # Do Data Science Stuff Here
        grdevices.dev_off()

        with open(png_path, 'rb') as f:
            png = f.read()
            return Response(png, "image/png")

if __name__ == '__main__':
    app.run(debug=True)

打服务的时候回来了PermissionError: [WinError 32] The process cannot access the file because it is being used by another process: 'C:\Users\matt\AppData\Local\Temp\tmpgg65cagq\epg_mix.png'

查看调用堆栈，它发生在 TempDirectory() 去清理的时候。使用 Flask 调试器，png 变量也为空。

那么，如何让 grDevices 关闭文件？还是我需要以不同的方式处理我的 POC？

Answer 1

rpy2 在 Windows 上不完全支持，而在 Linux（或 OS X）上工作的可能不支持。由于您正在使用 Flask 开发 PoC，我鼓励您尝试使用 Docker（在 Windows 上使用 docker-machine）。您可以使用 rpy2 的 docker 图像作为基础图像。

然而，这里只是使用 R 函数 png() 和 dev.off() 所以它 "should" 工作。

我有3条建议：

1-

你的 "Do Data Science stuff" 积木有 R 图吗？如果不是，这将解释为什么你的 Python 对象 png 是空的。

2-

如果使用 R 的 grid 系统（例如，通过 lattice 或 ggplot2）并且您正在评估字符串作为 R 代码，最好明确要求 R 绘制图形。例如：

p <- ggplot(mydata) + geom_point(aes(x=x, y=y))
print(p)

而不是

ggplot(mydata) + geom_point(aes(x=x, y=y))

3-

尝试将 return Response(png, "image/png") 移动到 TemporaryDirectory

的上下文管理器块之外

grDevices 保持文件打开

grDevices holding file open

python

rpy2

python-3.x