如何调整 heatmap.2 中的颜色范围

Question

我正在尝试使用 R 语言绘制热图。

绘制热图后，发现我的热图不适合解释，因为颜色键的范围没有调整好。

正如您在下面看到的，与我的数据分布相比，色键范围非常长。（它们介于 0 到 4 之间）。因此，热图中的所有颜色都是绿色。

如何解决这个问题？

下面是我的代码。（我试图搜索解决方案，但未能找到适合我的案例的线程。）

library(gplots)
matrix <- as.matrix(read.delim("bladder",header=FALSE))
hclustfunc <- function(x) hclust(x, method="complete")
distfunc <- function(x) dist(x, method="euclidean")
cl.col <- hclustfunc(distfunc(t(matrix)))
gr.col <- cutree(cl.col, 4)
heatmap.2(as.matrix(matrix),col=greenred(75),dendrogram=c("col"),trace="none",Rowv=FALSE,margins = c(8,16),cexRow=0.60,cexCol=0.8)

Answer 1

确保在以下示例中将 n 设置为正确的长度：

my_palette <- colorRampPalette(c("red", "blue", "green"))(n = 100)

heatmap.2(as.matrix(matrix), col=my_palette, 
    breaks=colors, density.info="none", trace="none", 
        dendrogram=c("row"), symm=F,symkey=F,symbreaks=T, scale="none")

如何调整 heatmap.2 中的颜色范围

How to adjust the color range in heatmap.2

r

plot

heatmap

hclust

gplots