更改 R 包中的功能并在 Ubuntu 上安装

Question

小问题：我想编辑 RPostgreSQL 包中的 postgresqlWriteTable 函数，并在 Ubuntu 机器上的 R 运行ning 上安装它。

详细解释：

我的问题的根源是我正在尝试使用来自 [=13] 的 dbWriteTable 写入带有来自 R 的自动递增主键列的 postgres table =] 包。

我读了这个 post: How do I write data from R to PostgreSQL tables with an autoincrementing primary key? 它建议通过更改 RPostgreSQL 包中的函数 postgresqlWriteTable 来解决我的问题。当我在 OSX 环境中交互式使用 fixInNamespace 并编辑函数时，它会起作用。

不幸的是，我必须运行在 AWS 实例运行ning R 上 Ubuntu 我的脚本。我在机器上的这个位置安装了 RPostgreSQL：/usr/local/lib/R/site-library/RPostgreSQL。我通过调用 R CMD install RPostgreSQL_0.4-1.tar.gz

安装它

现在我试图找到函数 postgresqlWriteTable。它应该在文件 PostgreSQLSupport.R 中。我搜索了整个图书馆 - 没有这样的文件。

我意识到在本地机器上的 OSX Finder 中，当我解压缩 tar.gz 包文件夹时，我可以看到文件 PostgreSQLSupport.R 我应该在其中更改功能。

所以我改变了功能。然后我从我的 Ubuntu 机器上删除了已安装的 RPostgreSQL 并将新文件夹（从我的本地机器）复制到我的 Ubuntu 机器中并尝试使用 devtools 按照建议安装包post 这里：Loading an R Package from a Custom directory

事情是这样的：

> library("devtools")
> install("/usr/local/lib/R/site-library/RPostgreSQL")
Error: Can't find '/usr/local/lib/R/site-library/RPostgreSQL'.
> install("RPostgreSQL", "/usr/local/lib/R/site-library/RPostgreSQL")
Installing RPostgreSQL
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet  \
  CMD INSTALL '/datasci/nikhil/RPostgreSQL'  \
  --library='/usr/local/lib/R/site-library' --install-tests 

* installing *source* package ‘RPostgreSQL’ ...
file ‘R/PostgreSQLSupport.R’ has the wrong MD5 checksum
ERROR: 'configure' exists but is not executable -- see the 'R Installation and Administration Manual'
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/RPostgreSQL’
Error: Command failed (1)

我已经无计可施了！

Answer 1

将 pacakge .tar.gz 文件复制到 AWS 机器。
解压这个文件，这样你就有了一个目录结构。
编辑文件中的函数并保存更改。
您可能还需要增加 DESCRIPTION 文件中的版本号。
使用 devtools::build 创建一个新的 .tar.gz 文件。
安装这个更新版本的包。

更改 R 包中的功能并在 Ubuntu 上安装

making change to function in R package and installing on Ubuntu

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devtools