使用 Plotly Python 绘制树状图

Question

我正在尝试使用 Python 绘制树状图，最好使用 Plotly。我有一个包含各种对象聚类的数据集。我可以使用此数据集生成所需的数据或至少进行推断。但是，我不明白 create_dendrogram 的输入实际上是什么。该文档只是说它是一个 ndarray - 观察矩阵作为数组的数组。我熟悉 Numpy ndarrays，但我想知道数组必须包含什么。

更具体地说，值X[i][j]的意义是什么。它似乎只是0和1之间的浮点数。我看过在此处为 Python 绘制 API 文档 - https://plot.ly/python/dendrogram/

import plotly.plotly as py
from plotly.tools import FigureFactory as FF

import numpy as np

X = np.random.rand(10, 10)
fig = FF.create_dendrogram(X, orientation='left', labels=names)
py.iplot(fig, filename='dendrogram_with_labels')

如果有其他更直观的方法可以在 Python 中获取树状图，我也想知道。我对此很陌生，如有任何帮助，我们将不胜感激。（如果我需要重新表述问题，请告诉我！）

Answer 1

您可以将链接函数传递给 create_dendrogram 函数。例如：

from scipy.cluster.hierarchy import linkage

...

figure = FF.create_dendrogram(
    data_array, orientation='bottom', labels=id_label_list,
    linkagefun=lambda x: linkage(data_array, 'ward', metric='euclidean')
)

使用 Plotly Python 绘制树状图

Plotting a dendrogram using Plotly Python

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