运行 fiji/imagej 来自终端的宏

Question

我在 fiji/imagej 中制作了一个宏，我想通过终端在 shell 脚本中激活它。就目前而言，宏不需要任何输入，我只想在从终端激活时制作 fiji 运行宏，并将其输出保存在输出文件夹中。宏的脚本如下所示：

input =  "/Users/matsboh/Documents/PhD/Experiment/Image analyses/Raw/";
output =  "/Users/matsboh/Documents/PhD/Experiment/Image analyses/Results/";

setBatchMode(true); 
list = getFileList(input);
for (i = 1; i == list.length; i++){

var im = i;

name = "raw_" + im + ".jpg"; 
dir_name = input + name;

open(dir_name);


run("Subtract Background...", "rolling=50 light");
run("8-bit");

run("Make Binary");

name = "results_" + im + ".csv"; 
dir_name = output + name;

run("Analyze Particles...", "size=100-20000 show=Nothing display clear");
saveAs("Measurements", dir_name); 
close();

}

如果这是可能的，我会怎样做？

干杯，

地垫

Answer 1

在 OS X:

/Applications/Fiji.app/Contents/MacOS/ImageJ-macosx --headless -macro myAwesomeMacro.ijm

在 Windows:

%USERPROFILE%\Fiji.app\ImageJ-win64.exe --headless -macro myAwesomeMacro.ijm

在 Linux:

~/Fiji.app/ImageJ-linux64 --headless -macro myAwesomeMacro.ijm

就我个人而言，我喜欢将我的 ImageJ 安装启动器的完整路径别名为 imagej 或 fiji，这样我就可以输入：

imagej --headless -macro myAwesomeMacro.ijm

当然，如何使用别名也取决于您的 OS。

有关运行来自控制台的宏和脚本的更多详细信息，请参阅 ImageJ wiki 的 Headless 页面。

运行 fiji/imagej 来自终端的宏

Running fiji/imagej macro from terminal

imagej