-bash: 脚本中意外标记“完成”附近的语法错误

Question

我很抱歉发布这个，但这让我发疯。我对 bash 脚本编写还很陌生，真的很挣扎。我有以下格式的文件 8_S58_L001.sorted.bam 并且我想从许多文件中获取第一个数字（在本例中为 8）并生成一个 csv 文件。这将给我下游功能处理样本的顺序。该脚本如下所示并且可以正常工作，但是每次我运行它时我都会收到错误消息（-bash：意外标记“完成”附近的语法错误）并且我很难理解为什么。到目前为止，我已经花了 2 天时间试图深入了解它，并通过各种论坛进行了广泛搜索。

do
test=$(ls -LR | grep .bam$| sed 's/_.*//'| awk '{print}' ORS=',' | sed 's/*$//')
echo $test>../SampleOrder/fileOrder2.csv
done

如果我只是运行

test=$(ls -LR | grep .bam$| sed 's/_.*//'| awk '{print}' ORS=',' | sed 's/*$//')
echo $test>../SampleOrder/fileOrder2.csv

然后我得到了想要的输出并且没有错误，但是如果它包含在 do 语句中我会得到上面的错误。我希望将它合并到一个更大的脚本中，所以我想先处理这个错误。

我应该说这是运行基于 linux 的集群。

有经验的人可以告诉我哪里错了吗？

提前致谢

山姆

Answer 1

bash 没有 do 语句，done 是命令中第一个单词时的保留字。

所以在

do
  something
  something
done

do 是语法错误。 do 仅在 for 和 while 循环的上下文中有用，它用于将条件与循环主体分开。

由于您在 done 而非 do 上报告了语法错误，我猜您让 Windows 行结尾悄悄进入了您的文件. Bash 不认为 \r (CR) 字符是特殊的，因此如果您的文件实际上包含 do\r，那么将认为是外部命令的名称。

Answer 2

您应该知道 grep .bam$ 并没有按照您的预期进行。点是匹配任何单个字符的 grep 通配符，因此模式 .bam$ 将匹配任何以 "bam" 结尾的 4 个或更多字符的字符串。如果你试图匹配所有以“.bam”结尾的字符串，你应该转义点并写成 grep "\.bam$"

但正如之前的评论者正确指出的那样，您应该使用 shell 通配符 (ls *.bam) 而不是 grep (ls | grep .bam$)

-bash: 脚本中意外标记“完成”附近的语法错误

-bash: syntax error near unexpected token `done' in script

linux

bash

awk

grep

sed