R 中的双聚类

Question

我想在 R 中的二进制矩阵上应用 byclustering。有一个名为 "biclust" 的好包可用，但它并没有显示我想要的所有内容。

我有一个如下所示的二进制矩阵：

1 0 0 1 0 1 0
0 0 0 0 0 0 0
0 0 1 0 1 0 0
1 0 0 1 0 1 0
0 0 1 0 1 0 0
1 0 0 1 0 1 0
0 0 0 0 0 0 0

我的目标是将其按如下方式进行双聚（并显示）（可能是彩色的）：

1 1 1 0 0 0 0
1 1 1 0 0 0 0
1 1 1 0 0 0 0
0 0 0 1 1 0 0
0 0 0 1 1 0 0
0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0

设置代码：

# install.packages("biclust") (if necessary)
library("biclust")

testMatrix <- matrix(c(1,0,0,1,0,1,0,
                       0,0,0,0,0,0,0,
                       0,0,1,0,1,0,0,
                       1,0,0,1,0,1,0,
                       0,0,1,0,1,0,0,
                       1,0,0,1,0,1,0,
                       0,0,0,0,0,0,0),
                     nrow = 7,
                     ncol = 7,
                     byrow = TRUE)

我应用了"biclust" R包的biclust函数：

testCluster <- biclust(x = testMatrix, method=BCBimax())

事实上我得到了预期的两个集群：

An object of class Biclust 
call:
biclust(x = testMatrix, method = BCBimax())
Number of Clusters found:  2 
First  2  Cluster sizes:
                      BC 1  BC 2
Number of Rows:       3     2
Number of Columns:    3     2

我可以通过以下方式分别显示集群：

drawHeatmap(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 1) # shown in picture below
drawHeatmap(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 2)

我可以通过以下方式显示整个聚类矩阵（左上角的一个聚类）：

drawHeatmap2(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 1) # shown in picture below
drawHeatmap2(x = testMatrix, bicResult = testCluster, number = 2)

到目前为止一切顺利，但我想要：

显示颜色切换。现在 1 是红色，0 是绿色。
我想查看原始矩阵的行和列。现在只显示特定集群的行号和列号（使用 drawHeatMap），并且在整个集群矩阵（drawHeatMap2）中没有显示行号和列号。
我想要一个有序的聚类矩阵。现在只有在 drawHeatmap2 中指定的簇显示在左上角，但对于矩阵的其余部分，我还希望其他簇从左上角到右下角很好地排列矩阵的其余部分。

是否可以进行这些更改（使用 "biclust" 软件包）？还是用 R 用另一种方式更好？

Answer 1

修改biclust源码包中的drawHeatmap()函数：

追踪（"drawHeatmap"，编辑=真）
更改以下内容：
(a) 切换红色和绿色 - 在调用 rgb()
时切换 rvect 和 gvect (b) 原始行名而不是新行名 - 将 'labels=' 更改为 '=bicCols' 和 '=bicRows'。
打印行号：在关于行的轴之前：cat(bicRows)。
将行号保存到文件 - 在关于行的轴之前：write(bicRows, file="FILENAME.txt")

R 中的双聚类

Biclustering in R

r

cluster-analysis

binary-matrix