在 java 中将字符串转换为位向量

Question

我想根据字符位值（用户指定）将字符串转换成对应的位向量。我正在处理基因组字符串，其中我只有 4 个字符，即 A、G、C、T。我想用 java

中的以下位值表示它们

A = 01
G = 11
C = 10
T = 00

现在给定一个字符串"AGGT"那么它对应的位值应该是01111100。我试过如下：

 BitSet A = new BitSet(2);
 BitSet G = new BitSet(2);
 BitSet C = new BitSet(2);
 BitSet T = new BitSet(2);
 A.set(01);
 G.set(00);
 C.set(11);
 T.set(10);

String p = "AGGT";
BitSet bb = new BitSet();
for(int i = 0, n = p.length() ; i < n ; i++) { 
   bb.set(p.charAt(i))      
}

我做错了什么？如何以正确的方式做到这一点？

Answer 1

正如@Thomas 所指出的，BitSet.set(int) 并没有像您预期的那样工作。

public void set(int bitIndex)
Sets the bit at the specified index to true.

因此：G.set(00) 不会将 G 的两位设置为 0：它将 G 的第二位（位置 1）设置为 true.

但是您不会使用最初创建的位集：如果您在字符串中遇到 A，您实际上是将第 66 位（位置 65）设置为 true, 因为 65 是字符文字 'A'.

的整数值

最简单的方法就是在循环中进行切换：

Bitset bb = new BitSet(2 * p.length());
for (int i = 0; i < p.length(); ++i) {
  switch (p.charAt(i)) {
    case 'A':
      bb.set(2*i + 0, false);
      bb.set(2*i + 1, true);
      break;
    case 'G':
      bb.set(2*i + 0, false);
      bb.set(2*i + 1, false);
      break;
    // etc.
  }
}

（没有必要将位设置为 false；但它只是更明确一点）。

在 java 中将字符串转换为位向量

Convert String into bitvector in java

java

string

bitvector