无法识别的选项：我 picard.jar

Question

我正在尝试使用 picard.jar 将 BMA 文件转换为 FASTQ 格式。这是我的命令：

java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq \ I=chr2chr3.bam \ FASTQ=chr2chr3.f1.fastq \ SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq

但是我收到了这个错误信息：

ERROR: Unrecognized option: I

我很困惑，有什么想法吗？

Answer 1

试试：

java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq \ 'I=chr2chr3.bam' \ FASTQ=chr2chr3.f1.fastq \ SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq

Answer 2

删除反斜杠

java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq  I=chr2chr3.bam  FASTQ=chr2chr3.f1.fastq  SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq

注：

可以压缩fastqs，忽略BAM中的小错误

java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq I=chr2chr3.bam FASTQ=chr2chr3.f1.fastq.gz SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq.gz VALIDATION_STRINGENCY=宽容
生物信息学的问题，你最好问https://www.biostars.org/ or http://seqanswers.com/forums/search.php?do=getnew

Unrecognized option: I picard.jar