R语言：包caret的函数rfe能否与混合效果模型一起使用

Question

我想在 R 中使用混合效果模型进行特征选择，但我无法将包 caret 的函数 rfe 与包 nlme 的函数 me 结合起来。

这是一个有效但未使用混合效果模型的示例：

data(iris)
names(iris) <- c("A", "B", "C", "D") # change names for compatibility
library(caret)
library(nlme)

rfeRes <- rfe(x = iris[c("B", "C", "D")], 
              y = iris[["A"]], 
               rfeControl = rfeControl(functions = lmFuncs)
)

下面是我想做的事情的概要：

rfeRes <- rfe(x = iris[c("B", "C", "D")], 
              y = iris[["A"]], 
               rfeControl = rfeControl(functions = lme)
)

您知道这样的事情是否可行以及如何实现吗？

Answer 1

这不是不可能，但真的很难。您需要定义正确的 lmd 函数（参见 documentation page）。

如果您要拟合随机效应模型，您还需要执行自定义保留规范，以便您保留独立实验单元是什么。因此，如果您每个人都有多个记录，您将希望一次保存一个或多个人的所有数据。同样，请参阅插入符号网页以了解执行此操作的机制。

R语言：包caret的函数rfe能否与混合效果模型一起使用

R language: Can the function rfe of the package caret be used with a mixed effect model

r

r-caret

feature-selection

nlme