如何设置 conda 安装的 R 以与 RStudio 一起使用？
How to set up conda-installed R for use with RStudio?
我一直在尝试使用 conda 设置我的 R（最终与 Beaker Notebook 一起使用）并且我希望能够将 RStudio 与我的 conda- R 的已安装版本。
我的安装方法R：
conda install -c r r
conda install -c r r-essentials
conda install -c r r-rserve
conda install -c r r-devtools
conda install -c r r-rcurl
conda install -c r r-RJSONIO
conda install -c r r-jpeg
conda install -c r r-png
conda install -c r r-roxygen2
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioconductor-edger
我运行那个版本的R（我只安装了这个版本）
> version
_
platform x86_64-apple-darwin11.0.0
arch x86_64
os darwin11.0.0
system x86_64, darwin11.0.0
status
major 3
minor 3.1
year 2016
month 06
day 21
svn rev 70800
language R
version.string R version 3.3.1 (2016-06-21)
nickname Bug in Your Hair
运行 R in Jupyter 有点问题。例如，当它输出错误时，它输出到 stdout 并用换行符分割字符串中的每个字符。我想使用 RStudio 但我不想安装另一个版本的 R。
如何将我的 R conda 版本路由到 RStudio？
这是我的 .bash_profile 不确定这是否有用：
$ cat ~/.bash_profile
# added by Anaconda3 4.0.0 installer
export PATH="/Users/jespinoz/anaconda/bin:$PATH"
export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/jespinoz/anaconda/bin/R
我一直在努力学习这些教程，但我迷路了。我真的不太熟悉环境变量之类的东西。
(1) https://support.rstudio.com/hc/en-us/community/posts/207830688-Using-RStudio-with-conda
(2) Launch mac eclipse with environment variables set
当我寻找我的 R 时，它指示我：
$ which R
/Users/jespinoz/anaconda/bin/R
但是 (1) 中的指示使用的是非常混乱的路径：
/Users/jespinoz/anaconda/lib/R/bin/R
我尝试按照这个人所做的操作并将其添加到我的 .bash_profile 但它没有用。我什至做了一个 .bashrc 但它仍然没有用（我在添加行后都 sourced）
export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/jespinoz/anaconda/bin/R
How to tell RStudio to use R version from Anaconda
很遗憾，anaconda 在 https://docs.continuum.io/anaconda/ide_integration
中没有这方面的教程
只要 which R 显示一个工作的 R 解释器（如果你已经从 conda 安装了 r 包并激活了你的环境，它应该这样做）然后启动 rstudio 来自相同的环境 应该可以很好地拾取它。
为了测试，我在 ArchLinux 上构建并安装了：https://aur.archlinux.org/packages/rstudio-desktop-git/
.. 然后强制删除 R 解释器 (pacman -Rdd r)，然后从 conda (conda install -c r r) 安装 r，它工作正常。然后我关闭了我的终端并打开了一个新终端（这样正确的 conda 环境 没有被 激活并使用以下命令成功启动 RStudio：RSTUDIO_WHICH_R=/home/ray/r_3_3_1-x64-3.5/bin/R rstudio
我认为关键是从正确的环境启动 RStudio？您的 ~/.bash_profile 和 ~/.bashrc 仅在您 运行 bash 时才有来源。对于要设置的环境变量，以便您的桌面环境知道它们，在 Linux 上，您应该将它们放在 ~/.profile 或 /etc/pam.d 中（您可能需要在之后注销或关闭进行这些更改）并在 OS X 上，您应该查看 https://apple.stackexchange.com/q/57385
更新：将此添加到 ~/.bash_profile !
export RSTUDIO_WHICH_R="/Users/jespinoz/anaconda/bin/R"
launchctl setenv RSTUDIO_WHICH_R $RSTUDIO_WHICH_R
最后一行感谢@Z-Shiyi https://github.com/conda/conda/issues/3316#issuecomment-241246755
@Ray Donnelly 上面所说的内容的补充。基本上，它必须从正确的环境中执行（即 运行 它来自终端）。
您可以：
(A) 将此放入您的 ~/.bash_profile
export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/[yourusername]/anaconda/bin/R（如果您使用的是 conda，但您可以放置任何 R 路径）
(B) 然后在获取源后在终端中输入（重启终端或执行 source .bash_profile）：open -a RStudio
那应该有效。
或者你可以像我一样做：
(A) 打开自动程序（对不起，如果你不在 mac 上；这只适用于 mac）
(B) 使用 Run Shell Script
(C) 然后删除已经存在的 cat 并放入：
export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/[yourusername]/anaconda/bin/R
open -a RStudio
(D) 将其保存为 run_rstudio.app 之类的内容，然后只需 运行 即可，它应该可以工作：
更新：Anaconda Distribution 现在有适用于 RStudio 的软件包，因此您应该能够使用它而不必跳过任何障碍。也可以直接安装Anaconda Navigator
见https://anaconda.org/r/rstudio:
$ conda install -c r rstudio
然后从命令行：
$ rstudio
（这就是我安装它的方式并且它有效。）
从激活的 Conda 环境启动 RStudio
至少对于 Mac OS X，我发现在 shell 会话中激活环境，然后启动 RStudio 就足够了。
$ conda activate my_r_env
$ /Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/RStudio
进入 R 后，可以验证 R.home() 和 .libPaths() 的值是否指向特定于环境的位置。
这里的优点是您不必固定在环境变量中最后设置的任何内容，例如，通过 .bash_profile。相反，一个人可以拥有许多基于 R 的环境并在它们之间切换（或同时 运行 多个环境）而不会篡改全局设置。
为方便起见建议的别名
也许我唯一推荐的全局设置是为 rstudio 添加一个别名到您的 .bash_profile 这样您就不必每次都键入完整路径，例如
alias rstudio='/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/RStudio &'
这使人能够做到
$ conda activate my_r_env
$ rstudio
$
其中 & 允许人们继续使用 shell 或关闭它，而不影响 RStudio 实例。
如果（现在）有任何好处...conda 有包 rstudioapi，它将 Rstudio 带到您的本地环境，并选择 local/default r-base 安装了您的活动环境。
您可以通过键入以下内容来安装它（一旦您的环境 已激活 ）：
conda install -c conda-forge r-rstudioapi
然后您只需输入（在您的环境中）：rstudio
制作软 link 适合我：
ln -s /opt/miniconda3/envs/r-4.2/bin/R /usr/bin/R
我一直在尝试使用 conda 设置我的 R（最终与 Beaker Notebook 一起使用）并且我希望能够将 RStudio 与我的 conda- R 的已安装版本。
我的安装方法R：
conda install -c r r
conda install -c r r-essentials
conda install -c r r-rserve
conda install -c r r-devtools
conda install -c r r-rcurl
conda install -c r r-RJSONIO
conda install -c r r-jpeg
conda install -c r r-png
conda install -c r r-roxygen2
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioconductor-edger
我运行那个版本的R（我只安装了这个版本）
> version
_
platform x86_64-apple-darwin11.0.0
arch x86_64
os darwin11.0.0
system x86_64, darwin11.0.0
status
major 3
minor 3.1
year 2016
month 06
day 21
svn rev 70800
language R
version.string R version 3.3.1 (2016-06-21)
nickname Bug in Your Hair
运行 R in Jupyter 有点问题。例如，当它输出错误时，它输出到 stdout 并用换行符分割字符串中的每个字符。我想使用 RStudio 但我不想安装另一个版本的 R。
如何将我的 R conda 版本路由到 RStudio？
这是我的 .bash_profile 不确定这是否有用：
$ cat ~/.bash_profile
# added by Anaconda3 4.0.0 installer
export PATH="/Users/jespinoz/anaconda/bin:$PATH"
export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/jespinoz/anaconda/bin/R
我一直在努力学习这些教程，但我迷路了。我真的不太熟悉环境变量之类的东西。
(1) https://support.rstudio.com/hc/en-us/community/posts/207830688-Using-RStudio-with-conda
(2) Launch mac eclipse with environment variables set
当我寻找我的 R 时，它指示我：
$ which R
/Users/jespinoz/anaconda/bin/R
但是 (1) 中的指示使用的是非常混乱的路径：
/Users/jespinoz/anaconda/lib/R/bin/R
我尝试按照这个人所做的操作并将其添加到我的 .bash_profile 但它没有用。我什至做了一个 .bashrc 但它仍然没有用（我在添加行后都 sourced）
export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/jespinoz/anaconda/bin/R
How to tell RStudio to use R version from Anaconda
很遗憾，anaconda 在 https://docs.continuum.io/anaconda/ide_integration
只要 which R 显示一个工作的 R 解释器（如果你已经从 conda 安装了 r 包并激活了你的环境，它应该这样做）然后启动 rstudio 来自相同的环境 应该可以很好地拾取它。
为了测试，我在 ArchLinux 上构建并安装了：https://aur.archlinux.org/packages/rstudio-desktop-git/
.. 然后强制删除 R 解释器 (pacman -Rdd r)，然后从 conda (conda install -c r r) 安装 r，它工作正常。然后我关闭了我的终端并打开了一个新终端（这样正确的 conda 环境 没有被 激活并使用以下命令成功启动 RStudio：RSTUDIO_WHICH_R=/home/ray/r_3_3_1-x64-3.5/bin/R rstudio
我认为关键是从正确的环境启动 RStudio？您的 ~/.bash_profile 和 ~/.bashrc 仅在您 运行 bash 时才有来源。对于要设置的环境变量，以便您的桌面环境知道它们，在 Linux 上，您应该将它们放在 ~/.profile 或 /etc/pam.d 中（您可能需要在之后注销或关闭进行这些更改）并在 OS X 上，您应该查看 https://apple.stackexchange.com/q/57385
更新：将此添加到 ~/.bash_profile !
export RSTUDIO_WHICH_R="/Users/jespinoz/anaconda/bin/R"
launchctl setenv RSTUDIO_WHICH_R $RSTUDIO_WHICH_R
最后一行感谢@Z-Shiyi https://github.com/conda/conda/issues/3316#issuecomment-241246755
@Ray Donnelly 上面所说的内容的补充。基本上，它必须从正确的环境中执行（即 运行 它来自终端）。
您可以：
(A) 将此放入您的 ~/.bash_profile
export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/[yourusername]/anaconda/bin/R（如果您使用的是 conda，但您可以放置任何 R 路径）
(B) 然后在获取源后在终端中输入（重启终端或执行 source .bash_profile）：open -a RStudio
那应该有效。
或者你可以像我一样做：
(A) 打开自动程序（对不起，如果你不在 mac 上；这只适用于 mac）
(B) 使用 Run Shell Script
(C) 然后删除已经存在的 cat 并放入：
export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/[yourusername]/anaconda/bin/R
open -a RStudio
(D) 将其保存为 run_rstudio.app 之类的内容，然后只需 运行 即可，它应该可以工作：
更新：Anaconda Distribution 现在有适用于 RStudio 的软件包，因此您应该能够使用它而不必跳过任何障碍。也可以直接安装Anaconda Navigator
见https://anaconda.org/r/rstudio:
$ conda install -c r rstudio
然后从命令行：
$ rstudio
（这就是我安装它的方式并且它有效。）
从激活的 Conda 环境启动 RStudio
至少对于 Mac OS X，我发现在 shell 会话中激活环境，然后启动 RStudio 就足够了。
$ conda activate my_r_env
$ /Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/RStudio
进入 R 后，可以验证 R.home() 和 .libPaths() 的值是否指向特定于环境的位置。
这里的优点是您不必固定在环境变量中最后设置的任何内容，例如，通过 .bash_profile。相反，一个人可以拥有许多基于 R 的环境并在它们之间切换（或同时 运行 多个环境）而不会篡改全局设置。
为方便起见建议的别名
也许我唯一推荐的全局设置是为 rstudio 添加一个别名到您的 .bash_profile 这样您就不必每次都键入完整路径，例如
alias rstudio='/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/RStudio &'
这使人能够做到
$ conda activate my_r_env
$ rstudio
$
其中 & 允许人们继续使用 shell 或关闭它，而不影响 RStudio 实例。
如果（现在）有任何好处...conda 有包 rstudioapi，它将 Rstudio 带到您的本地环境，并选择 local/default r-base 安装了您的活动环境。
您可以通过键入以下内容来安装它（一旦您的环境 已激活 ）：
conda install -c conda-forge r-rstudioapi
然后您只需输入（在您的环境中）：rstudio
制作软 link 适合我：
ln -s /opt/miniconda3/envs/r-4.2/bin/R /usr/bin/R