设计一个简单的二项分布会在 pymc 中抛出核心转储

Question

我正在尝试在 pymc 中设计一个简单的二项分布。但是它失败并出现以下错误，如果我使用泊松分布而不是二项式

，则相同的代码可以正常工作

import pymc as pm
from pymc import Beta,Binomial,Exponential
import numpy as np
from pymc.Matplot import plot as mcplot

data = pm.rbinomial(5,0.01,size=100)
p = Beta("p",1,1)
observations = Binomial("obs",5,p,value=data,observed=True)
model = pm.Model([p,observations])
mcmc = pm.MCMC(model)
mcmc.sample(400,100,2)
mcplot(mcmc)

错误

venki@venki-HP-248-G1-Notebook-PC:~/Desktop$ python perf_testing.py 
*** glibc detected *** python: free(): corrupted unsorted chunks: 0x0000000003cb0d40 ***
*** glibc detected *** python: malloc(): memory corruption: 0x00000000038bf2e0 ***

我还在 github pymc 中创建了一个问题。我不确定，如果我错了还是错误？

OS

Python 2.7.3
pymc 2.3.4
Ubuntu 12.04.5 LTS

Answer 1

我认为这是一个错误（这里是 a link to the issue you opened，谢谢！）。

这里有一个您现在可以使用的解决方法：不要像上面那样创建 observations，而是使用 n 和 p 参数，它们具有维度匹配 data:

observations = Binomial("obs", 5*np.ones_like(data),
                        p*np.ones_like(data), value=data,observed=True)

设计一个简单的二项分布会在 pymc 中抛出核心转储

Designing a simple Binomial distribution throws core dump in pymc

python

pymc