在 Python 中将基于 HDF5 的文件读取为 numpy 数组

Question

如何将 .hws 文件作为 numpy 数组加载？
根据 http://kingler.net/2007/05/22/90 which says it is a HDF5 based format, so I found https://confluence.slac.stanford.edu/display/PSDM/How+to+access+HDF5+data+from+Python 中的描述可能会有用。但是，按照页面中描述的说明进行操作：

hdf5_file_name = '/reg/d/psdm/XPP/xppcom10/hdf5/xppcom10-r0546.h5'
dataset_name   = '/Configure:0000/Run:0000/CalibCycle:0000/Camera::FrameV1/XppSb4Pim.1:Tm6740.1/image'
event_number   = 5
file    = h5py.File(hdf5_file_name, 'r')  
dataset = file[dataset_name]
arr1ev  = dataset[event_number]
file.close()

按照我的情况修改前三行后，第六行出现错误：

file_name = '~/Desktop/audioData_A.hws'
item = h5py.File(file_name, 'r')
print item.name 
ds = item['/']
print len(ds)
arr1ev = ds[1]

哪个returns:

<HDF5 group "/" (1 members)>
1
---------------------------------------------------------------------------
AttributeError                            Traceback (most recent call last)
<ipython-input-59-b33014aeccc8> in <module>()
      4 ds = item['/']
      5 print len(ds)
----> 6 arr1ev = ds[1]

/usr/local/lib/python2.7/site-packages/h5py/_objects.so in     h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/travis/build/MacPython/h5py-wheels/h5py/h5py/_objects.c:2405)()

/usr/local/lib/python2.7/site-packages/h5py/_objects.so in   h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/travis/build/MacPython/h5py-wheels/h5py/h5py/_objects.c:2362)()

/usr/local/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/group.pyc in __getitem__(self,  name)
    158                 raise ValueError("Invalid HDF5 object reference")
    159         else:
--> 160             oid = h5o.open(self.id, self._e(name), lapl=self._lapl)  
    161 
    162         otype = h5i.get_type(oid) 

/usr/local/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/base.pyc in _e(self, name, lcpl)
    119         else:
    120             try:
--> 121                 name = name.encode('ascii')
    122                 coding = h5t.CSET_ASCII
    123             except UnicodeEncodeError:

AttributeError: 'int' object has no attribute 'encode'

问题是我不知道如何获取dataset_name和event_number的信息。通过item.parent，在我的第二行，我猜相应的值应该是/和1，这是行不通的。

如果您需要，请在link中找到该文件： https://drive.google.com/file/d/0B1UyTlIs325wbWhwR3NTVmFpWTg/view?usp=sharing

Answer 1

我下载了您的文件并查看了它。阅读 .hws 文件后，您会得到一个只有一个键 "wfm_group0" 的字典（您可以使用 item.keys() 查看文件中的键）。此键的值再次与键 "axes"、"id"、"traces" 和 "vector" 类似字典。

不知道你想从那里去哪里，但也许你可以尝试一下这些信息，看看它能把你带到哪里。

在 Python 中将基于 HDF5 的文件读取为 numpy 数组

Read HDF5 based file as a numpy array in Python

python

arrays

numpy

hdf5