IndexError: only integers, slices (`:`), ellipsis (`...`) . .

Question

我正在使用 pymc3 寻找最适合 3D 表面的方法。这是我正在使用的代码。

with Model() as model:
# specify glm and pass in data. The resulting linear model, its likelihood and                                                                                                   
# and all its parameters are automatically added to our model.                                                                                                                   
glm.glm('z ~ x**2 + y**2 + x + y + np.sin(x) + np.cos(y)' , flatimage)
start = find_MAP()
step = NUTS(scaling=start) # Instantiate MCMC sampling algorithm                                                                                                                 
trace = sample(2000, step, progressbar=False) # draw 2000 posterior samples using NUTS sampling

我在这一行中遇到错误：

glm.glm('z ~ x**2 + y**2 + x + y + np.sin(x) + np.cos(y)' , flatimage)

错误是：

IndexError: only integers, slices (`:`), ellipsis (`...`), numpy.newaxis (`None`) and integer or boolean arrays are valid indices

我曾尝试通过将 sin(x) 和 cos(y) 更改为 np.sin(x) 和 np.cos(y) 来修复它，但这没有用，我不知道还能做什么。

Answer 1

我认为问题与您对 flatimage 的定义有关。您需要为 glm 模块标记数据才能工作。像这样：

# synthetic data (just an example)
x = np.random.normal(size=100)
y = np.random.normal(size=100)
z = x**2 + y**2 + x + y + np.sin(x) + np.cos(y)

data = dict(x=x, y=y, z=z) # a pandas dataframe will also work

with pm.Model() as model:
    pm.glm.glm('z ~ x**2 + y**2 + x + y + np.sin(x) + np.cos(y)' , data)
    start = pm.find_MAP()
    step = pm.NUTS(scaling=start)         
    trace = pm.sample(2000, step, start)

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IndexError: only integers, slices (`:`), ellipsis (`...`) . .

IndexError: only integers, slices (`:`), ellipsis (`...`) . .

python

pymc3

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